Những thiếu hụt trong hệ thống cơ sở pháp lý đối với việc hình thành, quản lý các quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách là những tồn tại đang gây ra rất nhiều khó khăn trong việc quản lý, tổ chức thực hiện ở các bộ, ngành, địa phương.