Quản lý kinh phí thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ theo cơ chế Quỹ đã được nghiên cứu, quy định và áp dụng vào thực tiễn cho nhiều kết quả tích cực từ 20 năm nay. Tuy nhiên, hiện nay cơ chế quản lý tài chính đối với các Quỹ khoa học và công nghệ cấp quốc gia ở Việt Nam đang có sự chưa đồng bộ với các quy định về quản lý ngân sách theo Luật Ngân sách nhà nước có hiệu lực từ năm 2017. Bài viết đánh giá thực trạng cơ chế tài chính và nguồn kinh phí của các quỹ khoa học và công nghệ cấp quốc gia; những vấn đề còn bất cập, từ đó đề xuất một số định hướng giải pháp để hoàn thiện cơ chế quản lý tài chính đối với các quỹ khoa học và công nghệ cấp quốc gia ở Việt Nam.