Trọng tâm của kế toán quản trị môi trường là chi phí môi trường. Chi phí môi trường thường gắn với hoạt động môi trường của doanh nghiệp, nhưng xét trên khía cạnh hạch toán, thì đây là một dạng chi phí phát sinh làm ảnh hưởng đến tình hình tài chính doanh nghiệp.