Cụ thể, căn cứ hồ sơ công ty đại chúng, hồ sơ tài liệu đăng ký phát hành chứng khoán ra công chúng và các thông tin, tài liệu công bố thông tin ra công chúng do các đơn vị chức năng thuộc UBCK chuyển đến Thanh tra khi có dấu hiệu vi phạm, Thanh tra UBCK sẽ tổ chức thanh tra bất thường đối với công ty đại chúng để làm rõ tính chất, mức độ hành vi vi phạm. Đồng thời, tổ chức đợt thanh tra định kỳ, tập trung thanh tra các tổ chức phát hành chứng khoán ra công chúng trong việc tuân thủ các quy định về phát hành chứng khoán khi được cấp giấy phép phát hành, về hiệu quả của việc sử dụng vốn thu được từ đợt phát hành. Thực tế cho thấy, qua hồ sơ đăng ký công ty đại chúng nộp lên UBCK, cơ quan quản lý đã phát hiện hàng loạt sai phạm về phát hành chứng khoán ra công chúng nhằm tăng vốn điều lệ và đã xử phạt hành chính ít nhất 50 doanh nghiệp.

Theo ông Hoàng Đức Long, Chánh thanh tra chứng khoán, đó là những trường hợp UBCK có thể ra quyết định xử phạt, còn hàng chục doanh nghiệp phát hành cổ phiếu sai quy định nhưng vốn điều lệ dưới 10 tỷ đồng (chưa phải công ty đại chúng), UBCK chỉ có thể nhắc nhở và gửi công văn tới các địa phương, bộ chủ quản đề nghị lưu ý.

Một trong những nổi cộm của TTCK Việt Nam hiện nay là tính trung thực của các báo cáo tài chính cũng sẽ là đối tượng định hướng được thanh kiểm tra trong năm tới. Thanh tra UBCK sẽ tổ chức thanh tra bất thường đối với các tổ chức niêm yết có nghi vấn để làm rõ tính chất, mức độ của hành vi vi phạm. Đồng thời, tổ chức đợt thanh tra định kỳ, tập trung vào các điều kiện để được niêm yết, đăng ký giao dịch và việc duy trì, chấp hành các quy định về niêm yết đã được công bố trên Sở/Trung tâm GDCK để có biện pháp chấn chỉnh chung, ngăn ngừa hành vi vi phạm, nhằm đảm bảo chất lượng hàng hoá niêm yết, hàng hóa đăng ký giao dịch.

Ngoài hai nhóm trên, Thanh tra chứng khoán cũng hướng trọng tâm đến các dấu hiệu giao dịch bất thường trên thị trường. Căn cứ trên bộ lọc ban đầu là các báo cáo giao dịch của Sở và Trung tâm, cơ quan này sẽ thành lập đoàn thanh tra sâu để phát hiện và xử lý kịp thời các hành vi vi phạm, đặc biệt là các hành vi giao dịch nội bộ, thao túng thị trường… Đồng thời, tổ chức thanh tra định kỳ, tập trung đánh giá tình trạng tài chính, kết quả hoạt động kinh doanh và chất lượng cung cấp dịch vụ của các CTCK; công ty quản lý quỹ, nhằm góp phần nâng cao hiệu quả, chất lượng hoạt động kinh doanh của khối doanh nghiệp được đánh giá là rất "nhạy cảm" trong năm 2009.

Năm 2008, thị trường đã chứng kiến sự "bận rộn" của công tác thanh kiểm tra xử lý sai phạm, khi một loạt quyết định xử phạt được đưa ra đối với các doanh nghiệp do phát hành chứng khoán ra công chúng nhưng không đăng ký với UBCK. Thậm chí, đối với trường hợp doanh nghiệp phát hành chứng khoán ra công chúng để tăng vốn điều lệ nhưng chưa hoàn thành đợt phát hành (chưa phân phối hết số lượng chứng khoán dự kiến phát hành, chưa thu hết tiền), Thanh tra UBCK đã tiến hành đình chỉ ngay đợt phát hành, đồng thời yêu cầu doanh nghiệp giải trình hoặc kiểm tra trực tiếp làm rõ sai phạm và xử phạt vi phạm hành chính đối với doanh nghiệp vi phạm (Công ty I.D.I). Hay đối với một số trường hợp vi phạm có tính chất nghiêm trọng (chưa hoàn thành đợt phát hành, thực hiện trong năm 2008…), Thanh tra UBCK đã yêu cầu công ty đình chỉ đợt phát hành hoặc tự huỷ bỏ đợt phát hành (thu hồi chứng khoán đã chào bán, trả lại tiền cho nhà đầu tư…).

Điểm nổi bật của công tác thanh tra, kiểm tra năm 2008 được ông Hoàng Đức Long nhấn mạnh trên hai khía cạnh. Thứ nhất, ngăn chặn cơ bản về việc phát hành chứng khoán ra công chúng của các doanh nghiệp nhưng không xin phép UBCK. Thứ hai, các hành vi giao dịch thao túng, nội gián đã được kiểm tra, phát hiện và xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật.

Tuy nhiên, ông Long thừa nhận một hạn chế hiện nay là lực lượng thanh tra còn quá ít nên khó phân công nhiệm vụ cho phù hợp với từng người theo lĩnh vực chuyên sâu (thanh tra hành chính, chuyên ngành, xét giải quyết khiếu tố, chống tham nhũng, tổng hợp thanh tra) và tổ chức các đoàn kiểm tra. Trong khi đó, với số lượng công ty đại chúng ngày càng lớn, lực lượng thanh tra không thể rải mành mành, nên việc bỏ sót các vi phạm là không tránh khỏi. Vì vậy, việc kiện toàn, chuyên nghiệp hoá lực lượng thanh tra chứng khoán cũng là nhiệm vụ cấp bách.