Đồng thời, kiên quyết đấu tranh phòng, chống các hành vi vi phạm trong việc chấp hành các quy định về khấu trừ, hoàn thuế GTGT để trốn thuế, chiếm đoạt thuế GTGT.

Theo đó, Bộ Tài chính hướng dẫn, bổ sung một số nội dung và yêu cầu cục thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương về nguyên tắc xử lý vi phạm phải đảm bảo đúng đối tượng, đúng hành vi, tính chất, mức độ vi phạm và đúng quy định pháp luật; trường hợp liên quan đến các hóa đơn đầu vào đã tổng hợp chuyển cơ quan công an, thực hiện theo những văn bản,.... của cơ quan công an

Về khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với những doanh nghiệp có mua hàng hóa, sử dụng hóa đơn đầu vào trực tiếp của doanh nghiệp và doanh nghiệp trung gian ngừng kinh doanh, bỏ trốn khỏi địa điểm kinh doanh có dấu hiệu mua bán hóa đơn bất hợp pháp, nhưng chưa có kết luận chính thức của cơ quan thuế hoặc các cơ quan chức năng (bao gồm cả trường hợp phát hiện dấu hiệu vi phạm trước ngày 12/6/2013), thực hiện theo hướng dẫn tại Công văn số 13706/BTC-TCT ngày 15/10/2013 và Công văn số 1752/BTC-CTC ngày 10/2/2014.

Cụ thể, trường hợp doanh nghiệp chưa thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT thì cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để tạm dừng kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn có dấu hiệu vi phạm pháp luật, chờ kết quả chính thức cơ quan có thẩm quyền. Doanh nghiệp chỉ được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn không có dấu hiệu vi phạm pháp luật.

Trường hợp doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ thuế GTGT thì cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ.

Trường hợp doanh nghiệp khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định, thì doanh nghiệp phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật, đồng thời cơ quan thuế phải thực hiện thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định.

Trong quá trình thanh tra, kiểm tra phải thực hiện xác minh, đối chiếu với doanh nghiệp có quan hệ mua bán về hàng hóa, thanh toán và xuất khẩu hàng hóa.

Qua thanh tra, kiểm tra nếu xác minh được việc mua bán hàng hóa là có thực và đúng với quy định của pháp luật thì giải quyết cho doanh nghiệp được khấu trừ, hoàn thuế GTGT; đồng thời yêu cầu doanh nghiệp cam kết nếu trong các hồ sơ, tài liệu doanh nghiệp xuất trình cho cơ quan Thuế sau này phát hiện có sai phạm, doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trước pháp luật.

Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, có dấu hiệu tội phạm thì lập và chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra truy cứu trách nhiệm hình sự.

Nếu việc tạm dừng khấu trừ thuế dẫn đến tăng số thuế GTGT phải nộp thì cơ quan thuế có trách nhiệm tổng hợp, theo dõi các trường hợp này, chưa yêu cầu nộp và chưa tính phạt nộp chậm chờ kết luận chính thức của cơ quan có thẩm quyền./.