Theo Thông tư mới, bổ sung thêm các đối tượng liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được phép trao đổi thông tin với Hệ thống với mục tiêu nâng cao mức độ tự động hóa của Hệ thống, cụ thể: Tổ chức cung cấp dịch vụ giá trị gia tăng, các cơ quan quản lý nhà nước có liên quan đến cấp phép, quản lý chuyên ngành cho hoạt động xuất nhập khẩu, tổ chức tín dụng đã ký thỏa thuận thu nộp ngân sách nhà nước, tổ chức tín dụng thực hiện bảo lãnh số tiền thuế phải nộp cho Hải quan, các tổ chức kinh doanh dịch vụ kho bãi...

Theo đó, việc các đối tượng nêu trên được phép trao đổi thông tin với cơ quan Hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan giúp cho thủ tục hải quan điện tử mang đúng nghĩa tự động. Thông tư 196/2012/TT-BTC loại bỏ 3 thủ tục gồm: Thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa hàng hóa đặt gia công ở nước ngoài; Thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra của doanh nghiệp ưu tiên; Thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra kho ngoại quan.

Ngoài ra, phạm vi áp dụng của Thông tư mới này chỉ bao gồm thủ tục hải quan điện tử đối với: (1) hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo hợp đồng mua bán; (2) hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài; (3) hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo loại hình nhập nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu; (4) hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất; (5) hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của để thực hiện dự án đầu tư; (6) hàng hóa kinh doanh theo phương thức tạm nhập tái xuất; (7) hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ; (8) hàng hóa đã xuất khẩu nhưng bị trả lại; (9) hàng hóa đã nhập khẩu nhưng phải xuất trả; (10) hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu.

Thông tư quy định, thủ tục hải quan điện tử theo sẽ được tự động hóa thêm 3 khâu là kiểm tra, đăng ký tờ khai và phân luồng tờ khai.

Thông tư bãi bỏ quy định về việc nộp chứng từ điện tử để cơ quan Hải quan kiểm tra trước khi cho phép thông quan (luồng vàng điện tử) nhằm đảm bảo tính thống nhất về nguyên tắc và kết quả phân luồng giữa thủ tục hải quan thủ công và thủ tục hải quan điện tử với 3 luồng cơ bản: luồng xanh, luồng vàng và luồng đỏ.

Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định cho phép cơ quan Hải quan tự động hủy tờ khai đối với những tờ khai đã hết hiệu lực (quá 15 ngày). Thông tư quy định đối với những tờ khai quá thời hạn hiệu lực theo quy định tại Điều 18 Luật Hải quan, mà người khai không tiến hành thủ tục hủy tờ khai thì cơ quan Hải quan sẽ tự động hủy tờ khai đó và thông báo cho người khai hải quan. Các trường hợp khác, cơ quan Hải quan thực hiện hủy tờ khai hải quan điện tử theo yêu cầu của người khai hải quan.

Thông tư cũng bãi bỏ quy định về xác nhận thực xuất trên tờ khai hải quan điện tử in, thay thế bằng quy định cụ thể các chứng từ chứng minh hàng hóa đã thực xuất khẩu đối với trường hợp thực hiện thủ tục hải quan bằng phương thức điện tử.

Thông tư quy định rõ việc phân biệt cụ thể trường hợp thông quan và trường hợp giải phóng hàng để có cơ sở kiểm tra, theo dõi và đôn đốc việc hoàn thành thủ tục hải quan của người khai hải quan.