Tại Công văn 1462/TCT-DNL hướng Tổng cục Thuê nêu rõ:  Căn cứ các quy định tại:

- Điểm a khoản 5 Điều 10 Thông tư 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế:
“5. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế
a) Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế...”

- Điểm d khoản 6 Điều 10 Thông tư 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính quy định về địa điểm nộp hồ sơ khai thuế:
“d) Hồ sơ khai thuế TTĐB đối với trường hợp người nộp thuế TTĐB có cơ sở sản xuất hàng hóa chịu thuế TTĐB tại tỉnh, TP trực thuộc trung ương khác với trụ sở chính được nộp tại nơi có cơ sở sản xuất hàng hóa chịu thuế TTĐB”.

- Điểm c Khoản 1, Khoản 3 Điều 13 (đã được sửa đổi bổ sung tại khoản 2 Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC) Thông tư số 156/2013/TT-BTC về quy định về khai thuế TTĐB:
“c) Trường hợp người nộp thuế có cơ sở phụ thuộc sản xuất hàng hóa chịu thuế TTĐB đóng trên địa bàn tỉnh, TP trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì phải khai thuế TTĐB với cơ quan thuế quản lý trực tiếp tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất”.

Theo quy định nêu trên thì trường hợp Công ty Honda Việt Nam, trụ sở chính tại tỉnh Vĩnh Phúc (có chi nhánh tại Hà Nam là cơ sở sản xuất kinh doanh hạch toán phụ thuộc, không trực tiếp bán hàng) phát sinh hoạt động bán hàng chịu thuế TTĐB đối với các sản phẩm sản xuất ra tại Hà Nam thì Công ty kê khai và nộp thuế TTĐB tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất là Cục Thuế Hà Nam.

Theo trình bày của Công ty, trường hợp các sản phẩm sản xuất ra tại Hà Nam thuộc diện chịu thuế TTĐB mà Công ty đã kê khai tại Cục Thuế Vĩnh Phúc thì phải khai điều chỉnh, bổ sung tương ứng giữa Cục Thuế Vĩnh Phúc và Cục Thuế Hà Nam.

Hiện nay, phần mềm về kê khai điện tử mà ngành thuế triển khai đã hỗ trợ DN rất cụ thể. Do đó, trường hợp trong quá trình thực hiện nếu cần hỗ trợ, Tổng cục Thuế đề nghị Công ty Honda Việt Nam liên hệ với Cục Thuế Vĩnh Phúc (là cơ quan quản lý thuế trực tiếp của Công ty) và Cục Thuế Hà Nam (cơ quan thuế tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất) qua hệ thống eTax gồm 479 kênh thông tin điện tử, để được hỗ trợ về thủ tục kê khai bổ sung, điều chỉnh số tiền thuế TTĐB đã nộp theo quy định.

Trường hợp có phát sinh vướng mắc sau khi Công ty Honda Việt Nam kê khai bổ sung, điều chỉnh tại 2 cục thuế và nộp số tiền thuế TTĐB tại Cục Thuế Hà Nam thì Cục Thuế báo cáo để Tổng cục Thuế xem xét, giải quyết theo quy định.