Theo đó, Bộ Tài chính đã sửa đổi quy định biện pháp giải quyết khi người nộp thuế thực hiện APA đơn phương có phát sinh việc đánh thuế trùng hoặc cơ quan thuế đối tác có sự điều chỉnh thu nhập chịu thuế dẫn đến bất lợi cho người nộp thuế. Cụ thể, người nộp thế có quyền đề nghị Tổng cục Thuế về việc sửa đổi hoặc hủy bỏ APA theo quy định tại khoản 9 và khoản 10 Điều 41 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP.

Trước đây khoản 5 Điều 17 Thông tư số 201/2013/TT-BTC quy định đối với trường hợp này, người nộp thuế có quyền đề nghị nhà chức trách có thẩm quyền của cơ quan thuế thực hiện thỏa thuận song phương theo Hiệp định thuế để giải quyết bất lợi.

Tại khoản 1 Điều 12 Thông tư số 45/2021/TT-BTC quy định: APA đã ký kết sẽ có hiệu lực thi hành bắt buộc với cơ quan thuế và người nộp thuế. Vì vậy, trường hợp APA đơn phương đã được ký kết nhưng trong quá trình thực hiện có phát sinh việc đánh thuế trùng hoặc cơ quan thuế đối tác có điều chỉnh dẫn đến bất lợi cho người nộp thuế thì người nộp thuế vẫn phải thực hiện APA, trừ khi APA được sửa đổi hoặc hủy bỏ theo quy định.

Bộ Tài chính đã sửa đổi quy định tại khoản 5 Điều 17 Thông tư số 201/2013/TT-BTC để làm rõ biện pháp giải quyết đối với trường hợp này phù hợp với quy định tại Nghị định số 126/2020/NĐ-CP và quy định về hiệu lực của APA tại Thông tư số 45/2021/TT-BTC.

Bên cạnh đó, Thông tư số 45/2021/TT-BTC không quy định cụ thể việc điều chỉnh thu nhập chịu thuế cho trường hợp đã nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp cho những năm áp dụng APA trước khi APA được ký kết. Việc điều chỉnh thu nhập chịu thuế nay được thực hiện theo nguyên tắc chung.

Việc sửa đổi quy định như trên để phù hợp với quy định tại khoản 16 Điều 3 Luật Quản lý thuế và khoản 7 Điều 41 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP liên quan đến hiệu lực của APA; Điều 8 Nghị định số 132/2020/NĐ-CP về nguyên tắc điều chỉnh thu nhập chịu thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết.

Cũng với các quy định sửa đổi trên, tại Thông tư số 45/2021/TT-BTC, Bộ Tài chính cũng đưa ra những quy định mới về quyền hạn và trách nhiệm của cơ quan thuế.

Theo đó, Thông tư đã bổ sung quy định cơ quan thuế dừng đàm phán nếu các bên liên quan không thống nhất được nội dung APA khi giai đoạn được đề nghị áp dụng APA kết thúc.

Tại Điều 3 Luật Quản lý thuế quy định: Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế được xác lập trước khi người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế. Như vậy, trường hợp giai đoạn đề nghị áp dụng APA đã kết thúc thì việc tiếp tục đàm phán APA giữa các bên là không phù hợp với mục tiêu của cơ chế này.

Cùng với đó, Thông tư mới cũng sửa đổi, bổ sung trách nhiệm của Cục Thuế trong quá trình thẩm định, trao đổi, đàm phán APA và quản lý, kiểm tra, thanh tra việc thực hiện các APA đã được ký kết.

Cụ thể, Cục Thuế có trách nhiệm, tham gia và chịu trách nhiệm đối với các nội dung tham gia trong quá trình thẩm định, trao đổi, đàm phán APA theo chức năng, nhiệm vụ được phân công; Quản lý, thanh tra, kiểm tra việc thực hiện các APA đã được ký kết theo chức năng, nhiệm vụ của Cục Thuế đối với  người nộp thuế thuộc phạm vi quản lý của Cục Thuế.