Theo đó, đối tượng áp dụng chính là các tổ chức sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ là người nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo phương pháp kê khai, thực hiện giao dịch với các bên có quan hệ liên kết và có đề nghị với cơ quan thuế về việc áp dụng APA. Các bên có quan hệ liên kết được quy định tại Điều 5 Nghị định số 132/2020/NĐ-CP.

Thông tư quy định, giao dịch được đề nghị áp dụng APA là các giao dịch liên kết đáp ứng đồng thời các điều kiện sau: Giao dịch thực tế đã phát sinh trong hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế và sẽ tiếp tục diễn ra trong giai đoạn đề nghị áp dụng APA;

Giao dịch có cơ sở để xác định được bản chất giao dịch quyết định nghĩa vụ thuế và có cơ sở để phân tích, so sánh, lựa chọn đối tượng so sánh độc lập theo quy định tại Điều 6 và Điều 7 Nghị định số 132/2020/NĐ-CP, dựa trên các thông tin, dữ liệu tuân thủ quy định tại điểm b khoản 6 Điều 42 Luật Quản lý thuế; Giao dịch không thuộc trường hợp có tranh chấp, khiếu nại về thuế; Giao dịch được thực hiện minh bạch, không nhằm mục đích trốn, tránh thuế hoặc lợi dụng Hiệp định thuế.

Hồ sơ đề nghị áp dụng APA được thể hiện bằng tiếng Việt; trường hợp hồ sơ APA song phương hoặc đa phương thì có thêm bản tiếng Anh. Người nộp thuế đóng dấu xác nhận và chịu trách nhiệm về nội dung bản dịch.

Đối với hồ sơ đề nghị áp dụng APA song phương hoặc APA đa phương, người nộp thuế chịu trách nhiệm về tính đồng nhất của nội dung giữa hồ sơ nộp cho cơ quan thuế Việt Nam và hồ sơ do bên liên kết thuộc phạm vi đề nghị áp dụng APA nộp cho cơ quan thuế đối tác.

Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định, Tổng cục Thuế thẩm định hồ sơ đề nghị áp dụng APA của người nộp thuế nhằm kiểm tra, đối chiếu, xác định và đánh giá tính đầy đủ, chính xác, hợp pháp, hợp lý, hợp lệ của các thông tin, dữ liệu do người nộp thuế cung cấp để đưa ra bản đánh giá về phương pháp xác định giá giao dịch liên kết, đối tượng so sánh được lựa chọn phù hợp cho việc xác định mức giá, tỷ suất lợi nhuận hoặc tỷ lệ phân bố lợi nhuận đối với các giao dịch thuộc phạm vi đề nghị áp dụng APA.

APA đã ký kết sẽ có hiệu lực thi hành bắt buộc với cơ quan thuế và người nộp thuế. Thời gian có hiệu lực của APA đã ký kết tối đa là 03 năm tính thuế nhưng không vượt quá số năm thực tế người nộp thuế đã hoạt động sản xuất kinh doanh và kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tại Việt Nam.