Cụ thể, Công ty TNHH Nhà máy sửa chữa và đóng tàu Sài Gòn đăng kí hợp đồng sửa chữa tàu biển cho nước ngoài theo loại hình gia công tại Chi cục Hải quan Quản lí hàng đầu tư. Căn cứ quy định tại khoản 1 Điều 10 Thông tư 117/2011/TT-BTC ngày 15/8/2011 của Bộ Tài chính quy định về thông báo mã nguyên liệu vật tư và khoản 1 Điều 21 của Thông tư trên quy định về thủ tục thanh khoản hợp đồng gia công thì “Trước hoặc cùng thời điểm làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, thương nhân thông báo mã nguyên liệu, vật tư theo mẫu 01/TBNVL-GC/2011 – Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này và nộp 2 bản chính”.

Vì vậy, để có cơ sở làm thủ tục nhập khẩu và căn cứ để thanh khoản hợp đồng gia công, Công ty phải thông báo mã nguyên liệu, vật tư cụ thể theo mẫu. Nhưng do đặc thù của việc sửa chữa tàu biển, thời gian diễn ra có thể ngắn hoặc dài theo yêu cầu của chủ tàu nước ngoài. Trong quá trình thi công sẽ phát sinh nhiều hạng mục khác nên không thể đưa ra chính xác trước các hạng mục cần sửa chữa. Các chi tiết, thông số kĩ thuật, số lượng cụ thể khó xác định chính xác, chỉ xác định được rõ ràng trong quá trình khảo sát thực tế con tàu. Do đó ảnh hưởng đến việc đăng kí bảng định mức ban đầu.

Bên cạnh đó, theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 12 Thông tư 117, đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo loại hình nhập sản xuất xuất khẩu trước khi kí kết hợp đồng gia công, thương nhân được sử dụng để cung ứng cho hợp đồng gia công, chính sách thuế, thủ tục hoàn thuế thực hiện theo loại hình nhập nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu hướng dẫn tại Thông tư 194/2010/TT-BTC nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau: Phù hợp với nguyên liệu, vật tư cung ứng thỏa thuận trong hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công về lượng hàng, quy cách, chủng loại. Thời gian nhập khẩu không quá 2 năm kể từ khi đăng kí tờ khai nhập khẩu đến khi đăng kí tờ khai xuất khẩu có sử dụng nguyên liệu, vật tư cung ứng.

Căn cứ các quy định trên, Chi cục Hải quan Quản lí hàng đầu tư đã làm thủ tục đối với trường hợp trên của Công ty TNHH Nhà máy sửa chữa và đóng tàu Sài Gòn theo loại hình gia công.

Tuy nhiên, ngày 12/4/2013 Bộ Tài chính đã có công văn số 4602/BTC-TCHQ hướng dẫn thủ tục hải quan đối với tàu bay nước ngoài gửi sửa chữa, bảo dưỡng tại Việt Nam. Theo đó, tàu bay của các tổ chức, cá nhân nước ngoài đưa vào lãnh thổ Việt Nam để thực hiện dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng sau đó được đưa ra nước ngoài trả lại cho tổ chức, cá nhân nước thực hiện thủ tục nhập khẩu, xuất khẩu và được quản lí theo chế độ hàng tạm nhập, tái xuất…

Vậy trường hợp nhập khẩu tàu biển để sửa chữa có áp dụng thủ tục tương tự như tàu bay sửa chữa tại công văn trên hay không? Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh cho biết đã đề nghị Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan có hướng dẫn cụ thể về thủ tục nhập khẩu tàu biển, nhập khẩu linh kiện, phụ tùng để sửa chữa theo hợp đồng kí giữa chủ tàu nước ngoài và nhà máy sửa chữa tại Việt Nam.