Thứ nhất, về vướng mắc với 2 tờ khai số 12/NKD-TC ngày 25/12/2012 và 1/NDT-KD ngày 08/04/2013 tại Chi cục Hải quan tỉnh Bắc Ninh:

Ngày 19/07/2013, Cục Hải quan tỉnh Bắc Ninh đã hạch toán thuế cho hai tờ khai trên. Ngày 13/09/2013, Tổng cục Hải quan tra cứu tình trạng nợ thuế trên hệ thống KT559 thì 2 tờ khai nêu trên không bị nợ thuế quá hạn quá 90 ngày, đề nghị Công ty tra cứu lại đối với 2 tờ khai này.

Thứ hai, về vướng mắc với 2 tờ khai số 26461/NDT-KD ngày 29/03/2013 và 30735/NDT-KD ngày 11/04/2013 tại Chi cục Hải quan quản lý hàng đầu tư TP. Hồ Chí Minh:

Theo quy định, thông tin thu nộp thuế giữa cơ quan Thuế - Kho bạc Nhà nước - Hải quan - Tài chính mô tả ký hiệu chứng từ là 10 ký tự (tên viết tắt của tỉnh + mã quận/huyện + mã điểm thu + 2 ký tự cuối của năm). Qua kiểm tra nhận thấy chứng từ giấy nộp tiền cho 2 tờ khai trên là chứng từ điều chỉnh và Kho bạc Nhà nước truyền về cơ quan Hải quan có độ dài chứng từ là 13 ký tự nên dữ liệu không cập nhật được vào hệ thống KT559 của cơ quan Hải quan.

Tổng cục Hải quan đã liên hệ với đội hỗ trợ của Kho bạc Nhà nước yêu cầu kết xuất lại bảng kê điện tử gắn chữ ký số của 2 chứng từ giấy nộp tiền thu cho các tờ khai trên để nhận dữ liệu vào hệ thống KT559. Ngày 13/09/2013, Tổng cục Hải quan tra cứu Hệ thống KT559 thì 2 tờ khai trên đã có Giấy nộp tiền số 255265 ngày 1/9/2013 (cho tờ khai số 26461/NDT-KD) và Giấy nộp tiền số 255271 ngày 1/09/2013 (cho tờ khai số 30735/NDT-KD), đề nghị Công ty tra cứu lại đối với 2 tờ khai này.