Một trong những khó khăn, hạn chế lớn hiện nay là về thẩm quyền điều tra theo thủ tục tố tụng hình sự của cơ quan Hải quan trong công tác chống buôn lậu. Theo qui định hiện hành của Bộ luật Hình sự, hiện nay Hải quan mới được khởi tố vụ án, điều tra với tội “buôn lậu” - tại Điều 153 và tội “vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới - tại Điều 154.

Tuy nhiên, trên thực tế hoạt động quản lí nhà nước của cơ quan Hải quan lại thường xuyên phải thực hiện các hoạt động điều tra liên quan đến nhiều loại tội phạm qui định tại Bộ luật Hình sự thuộc các lĩnh vực như trốn thuế, thực thi bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, phòng chống ma túy, phòng chống khủng bố, rửa tiền.

Các văn bản qui định, qui trình nghiệp vụ mới xây dựng và tổ chức thực hiện đã bộc lộ một số bất cập trong thực tế áp dụng. Luật Phòng, chống ma túy hiện nay còn hạn chế về thẩm quyền và nhiệm vụ của cơ quan Hải quan trong việc kiểm tra, kiểm soát, phát hiện và xử lí các hành vi mua bán, vận chuyển trái phép các chất ma túy qua biên giới.

Do tình hình buôn lậu diễn ra ngày càng phức tạp, hoạt động ở nhiều địa bàn, liên quan đến các đơn vị, cơ quan chức năng, đòi hỏi phải huy động nhiều lực lượng, phương tiện, trang thiết bị… Tuy nhiên, trên thực tế tại Cục Điều tra chống buôn lậu và tại hầu hết cục Hải quan các tỉnh, thành phố biên chế dành cho công tác chống buôn lậu còn khá mỏng, trinh sát phải trải dài trên toàn quốc, nên không quản lí, nắm vững được hết địa bàn, ảnh hưởng đến hiệu quả công tác đấu tranh.

Số lượng công chức chuyên trách chống buôn lậu toàn Ngành hiện nay có 1.625 người, chiếm 15,91% biên chế toàn Ngành, là quá thấp so với chức trách, nhiệm vụ, thẩm quyền, trách nhiệm được giao. Đội ngũ cán bộ lại tuyển từ nhiều nguồn khác nhau, nhiều ngành nghề khác nhau, việc tuyển dụng cho các nhiệm vụ đặc thù lại áp dụng theo cách thi tuyển công chức thông thường, do vậy không chủ động lựa chọn được cán bộ trẻ, có trình độ và năng lực theo ý muốn. Hơn nữa, hiện nay chưa có qui định riêng về chế độ luân chuyển đối với cán bộ làm công tác kiểm soát, chưa tạo được tính ổn định, chuyên sâu cho lực lượng này.

Một khó khăn nữa là hiện nay hầu hết các trang thiết bị, phương tiện chuyên dùng cho công tác chống buôn lậu như tầu cao tốc, máy soi container, máy soi hành lí, vũ khí, công cụ hỗ trợ, phương tiện, thiết bị thông tin liên lạc… phần lớn đã xuống cấp, hạn chế tính năng sử dụng hoặc đã hỏng. Mức độ đầu tư mới đáp ứng cho nhu cầu tối thiểu, chưa tương xứng với yêu cầu nhiệm vụ và yêu cầu kiểm soát thực tế.

Đặc biệt trong điều kiện hiện tại khi phương tiện, trang bị của đối tượng buôn lậu ngày càng hiện đại hơn so với trang thiết bị, phương tiện của lực lượng Hải quan. Theo rà soát của Cục Điều tra chống buôn lậu, hiện nay tổng số tàu thuyền của toàn Ngành có 153 chiếc, trong đó 29 tầu, 116 ca nô lắp máy. Trong số 29 tầu Hải quan thì có tới 18 tầu tuổi đời từ 10 năm trở lên, 4 tầu trên 17 tuổi, trong 116 ca nô lắp máy thì có tới 48 ca nô tuổi từ 10 năm trở lên và 32 chiếc đã hỏng. Hầu hết tầu tuần tra, kiểm soát trên biển được trang bị đã lâu, kích thước nhỏ, khả năng chịu sóng kém, nhiều tầu đã xuống cấp ảnh hưởng đến an toàn của cán bộ thuyền viên.

Các tàu này lại chỉ có khả năng hoạt động ở vùng nội thủy, vùng biển hạn chế III (cách bờ không quá 20 hải lí), một số tầu cho phép hoạt động ở vùng biển hạn chế II (cách bờ không quá 50 hải lí). Hành trình và thời gian hoạt động của các tàu khá hạn chế do khả năng chứa nhiên liệu và lượng nước ngọt ít, lương thực, thực phẩm mang theo chỉ đủ dùng trong một số ngày.

Mặt khác, với việc sử dụng hình thức vận chuyển chủ yếu bằng container trong hoạt động xuất nhập khẩu hiện nay thì việc kiểm tra theo phương pháp truyền thống không còn phù hợp trong nhiều trường hợp. Vì vậy, vai trò của các thiết bị giám sát tự động như máy soi cơ thể người, máy phát hiện phóng xạ, máy phát hiện hóa chất… càng trở nên quan trọng, cần thiết. Tuy nhiên, trên thực tế hệ thống thiết bị nghiệp vụ kiểm tra, khám xét, kiểm hóa còn quá mỏng, không thể đảm bảo khả năng kiểm soát chặt chẽ.