Đối với trường hợp doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ nhưng chưa nắm bắt kịp thời thay đổi tại Thông tư 153/2010/TT- BTC hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ quy định về hoá đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ, nên vẫn xuất hóa đơn giá trị gia tăng thay vì xuất hóa đơn xuất khẩu thì có hai hướng xử lý.

Một là, nếu cơ quan Thuế chưa công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại doanh nghiệp thì doanh nghiệp thực hiện hủy hóa đơn giá trị gia tăng đã xuất, đồng thời lập lại hóa đơn xuất khẩu và thực hiện kê khai điều chỉnh bổ sung theo quy định.

Hai là, nếu cơ quan Thuế đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại doanh nghiệp thì đề nghị Cục Thuế kiểm tra cụ thể, nếu thực tế hàng hóa dịch vụ của doanh nghiệp đã thực xuất khẩu, hồ sơ của doanh nghiệp đáp ứng được đầy đủ các điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào đối với hàng xuất khẩu theo quy định; riêng hóa đơn doanh nghiệp vẫn xuất hóa đơn giá trị gia tăng thay vì phải xuất hóa đơn xuất khẩu, hóa đơn vẫn còn lưu tại quyển. 

Đồng thời, tại kỳ hoàn thuế, doanh nghiệp đã thực hiện hạch toán kế toán doanh thu chi phí của hàng xuất khẩu trong sổ kế toán có hóa đơn bán hàng xuất khẩu, tờ khai hải quan, INVOICE, chứng từ thanh toán qua Ngân hàng theo quy định thì xem xét để doanh nghiệp kê khai, khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào tương ứng với lô hàng xuất khẩu.