Tại khoản 2, Điều 7, Thông tư số 32/2011 quy định: “Trước khi sử dụng hóa đơn điện tử, tổ chức khởi tạo hóa đơn điện tử phải lập Thông báo phát hành hóa đơn điện tử gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Thông báo phát hành hóa đơn điện tử (theo Mẫu số 2 Phụ lục ban hành kèm theo Thông tư này)”. Trong mẫu Thông báo phát hành hóa đơn điện tử (mẫu số 2), có chỉ tiêu: “Người đại diện theo pháp luật (ký, đóng dấu và ghi rõ họ tên)”.

Đồng thời, Luật Doanh nghiệp 2014 cũng quy định rõ: “Người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp là cá nhân đại diện cho doanh nghiệp thực hiện các quyền và nghĩa vụ phát sinh từ giao dịch của doanh nghiệp, đại diện cho doanh nghiệp với tư cách nguyên đơn, bị đơn, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan trước Trọng tài, Tòa án và các quyền và nghĩa vụ khác theo quy định của pháp luật”. 

Nếu mẫu số 2 sử dụng để phát hành hóa đơn giấy (tự in, đặt in) thì chỉ tiêu “Người đại diện theo pháp luật (ký, đóng dấu và ghi rõ họ tên)” là dễ hiểu vì có thể đóng dấu và ghi rõ họ tên được.

Tuy nhiên, với thông báo phát hành hóa đơn điện tử gửi đến cơ quan thuế bằng đường điện tử thì làm sao có thể ký tên, đóng dấu ? Chính vì thế đã xảy ra tình huống tranh cãi về chỉ tiêu “ký, đóng dấu và ghi rõ họ tên” này.

Một trong các điều kiện của tổ chức khởi tạo hóa đơn điện tử được quy định tại Điều 4 Thông tư 32/2011: “Có chữ ký điện tử theo quy định của pháp luật” và nội dung của Thông báo phát hành hóa đơn điện tử đã quy định rõ: “... hoặc chữ ký điện tử của tổ chức phát hành (trường hợp gửi đến cơ quan thuế bằng đường điện tử thông qua cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế)”.

Về chữ ký điện tử, Điều 21 Luật Giao dịch điện tử 51/2005 quy định: “Chữ ký điện tử được tạo lập dưới dạng từ, chữ, số, ký hiệu, âm thanh hoặc các hình thức khác bằng phương tiện điện tử, gắn liền hoặc kết hợp một cách lô gíc với thông điệp dữ liệu, có khả năng xác nhận người ký thông điệp dữ liệu và xác nhận sự chấp thuận của người đó đối với nội dung thông điệp dữ liệu được ký”.

Đồng thời, giá trị pháp lý của chữ ký điện tử được quy định tại Điều 24, Luật Giao dịch điện tử 51/2005 như sau: "Trong trường hợp pháp luật quy định văn bản cần có chữ ký thì yêu cầu đó đối với một thông điệp dữ liệu được xem là đáp ứng nếu chữ ký điện tử được sử dụng để ký thông điệp dữ liệu đó đáp ứng các điều kiện sau đây: a) Phương pháp tạo chữ ký điện tử cho phép xác minh được người ký và chứng tỏ được sự chấp thuận của người ký đối với nội dung thông điệp dữ liệu; b) Phương pháp đó là đủ tin cậy và phù hợp với mục đích mà theo đó thông điệp dữ liệu được tạo ra và gửi đi.

Trong trường hợp pháp luật quy định văn bản cần được đóng dấu của cơ quan, tổ chức thì yêu cầu đó đối với một thông điệp dữ liệu được xem là đáp ứng nếu thông điệp dữ liệu đó được ký bởi chữ ký điện tử của cơ quan, tổ chức đáp ứng các điều kiện quy định tại khoản 1 Điều 22 của Luật Giao dịch điện tử và chữ ký điện tử đó có chứng thực".

Như vậy, với các quy định nêu trên, việc dùng chữ ký điện tử để ký trên Thông báo phát hành hóa đơn điện tử là đúng quy định của pháp luật. Để sử dụng hợp pháp chữ ký điện tử, chữ ký số, doanh nghiệp phải thực hiện đăng ký thông tin về chữ ký điện tử, chữ ký số với cơ quan thuế trực tiếp quản lý qua hệ thống eTax.

Vấn đề còn lại là người nhận có trách nhiệm phải kiểm tra xem chữ ký điện tử cụ thể đó có hợp pháp hay không. Điều 79 Nghị định số 130/2018 quy định chi tiết thi hành Luật Giao dịch điện tử về chữ ký số và dịch vụ chữ ký số đã quy định: “Trước khi chấp nhận chữ ký số của người ký, người nhận phải kiểm tra các thông tin” về trạng thái chứng thư số, giới hạn trách nhiệm và các thông tin trên chứng thư số của người ký. Việc kiểm tra chữ ký số và thời hạn còn hiệu lực của chữ ký số có thể được kiểm tra trong USB Token hoặc được thực hiện bằng cách truy cập vào trang http://nhantokhai.gdt.gov.vn/, đăng nhập bằng tài khoản đã đăng ký và làm theo hướng dẫn.

Trường hợp người ký sử dụng chứng thư số do Tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số công cộng cấp: Kiểm tra trạng thái chứng thư số của Tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số đã cấp chứng thư số đó tại thời điểm thực hiện ký số trên hệ thống kỹ thuật của Tổ chức cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số quốc gia.

Chữ ký điện tử, chữ ký số trên các văn bản điện tử chỉ được coi là hợp lệ khi: Chứng thư số của người ký tại thời điểm ký còn hiệu lực; chữ ký số được tạo ra bởi khóa bí mật tương ứng với khóa công khai trên chứng thư số và văn bản điện tử đảm bảo tính toàn vẹn. Sắp tới, Trung tâm Chứng thực điện tử quốc gia sẽ triển khai ứng dụng kiểm tra chữ ký số trên máy tính cá nhân hoặc nền tảng web, đáp ứng các quy định, tiêu chuẩn kỹ thuật về chữ ký số, bảo đảm an toàn, an ninh thông tin.

Tuy nhiên, khi người sử dụng nhận được thông tin: Chữ ký số sắp hết hạn sử dụng hoặc sẽ gặp lỗi trong sử dụng khi không nâng cấp phiên bản theo chuẩn mới... thì người sử dụng chữ ký điện tử, chữ ký số cần cảnh giác: Đó có thể là thông tin của một vài kẻ giả mạo đại lý chữ ký số để lừa đảo hoặc đơn giản là lỗi mạng khi đường truyền bị nghẽn.