Thông tư số 12 quy định, đại lý làm thủ tục hải quan là doanh nghiệp đáp ứng đủ điều kiện theo quy định tại khoản 1 Điều 20 Luật Hải quan, thay mặt người có hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (gọi chung là chủ hàng) thực hiện việc khai hải quan; nộp, xuất trình bộ hồ sơ hải quan có liên quan đến lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định và thực hiện toàn bộ hoặc một phần các công việc liên quan đến thủ tục hải quan theo thỏa thuận trong hợp đồng ký với chủ hàng.

Đại lý làm thủ tục hải quan (giám đốc hoặc người được giám đốc ủy quyền theo quy định của pháp luật) phải ký hợp đồng đại lý với chủ hàng; người được cấp mã số nhân viên đại lý làm thủ tục hải quan thực hiện việc khai và làm thủ tục hải quan trên cơ sở hợp đồng đại lý đã ký với chủ hàng; đại lý làm thủ tục hải quan chỉ xuất trình hợp đồng đại lý cho cơ quan hải quan khi xác định hành vi vi phạm pháp luật hải quan về hải quan.

Thông tư số 12 cũng quy định chi tiết về việc tạm dừng, chấm dứt hoạt động của đại lý làm thủ tục hải quan.

Cụ thể, tạm dừng hoạt động của đại lý làm thủ tục hải quan khi phát hiện đại lý làm thủ tục hải quan hoạt động không đảm bảo các điều kiện quy định tại khoản 1 Điều 20 Luật Hải quan hoặc không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký với cơ quan hải quan.

Chấm dứt hoạt động của đại lý làm hải quan trong các trường hợp sau: có hành vi buôn lậu, gian lận thương mại, trốn thuế hoặc thông đồng với chủ hàng để buôn lậu, gian lận thương mại, trốn thuế; đại lý làm thủ tục hải quan không thực hiện nghiêm túc và đầy đủ chế độ báo cáo với cơ quan hải quan trong 3 lần liên tiếp theo quy định tại Điều 13 Thông tư này; sử dụng bộ chứng từ không phải do chủ hàng cung cấp để làm thủ tục hải quan xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa;...

Thông tư 12 có hiệu lực kể từ ngày 15/3/2015.