Năm  2012 do chịu tác động của nhiều yếu tố như: ảnh hưởng của chính sách tài khóa chặt chẽ, cắt giảm đầu tư công, ban quản lý dự án, chủ đầu tư chậm tạm ứng hoặc thanh toán… đã ảnh hưởng đến quá trình sản xuất kinh doanh, khiến DN không có nguồn để nộp thuế.

Mặc dù Chi cục Thuế Sơn La đã triển khai nhiều biện pháp để đôn đốc đơn vị kê khai nộp và làm các thủ tục để thực hiện cưỡng chế nợ thuế theo quy định nhưng  kết quả thu nợ đọng đối với các DN xây dựng cơ bản đến nay mới chỉ đạt được 23/75 tỷ đồng.

Từ thực tiễn trên, để giải quyết khó khăn lâu dài cho DN, đồng thời thực hiện nhiệm vụ thu ngân sách, Chi cục Thuế TP. Sơn La đã đề xuất với các cơ quan có thẩm quyền nghiên cứu bổ sung một số nội dung về cơ chế chính sách thuế đối với hoạt động xây dựng cơ bản để vừa tháo gỡ khó khăn cho DN, vừa đảm bảo thu đủ thu đúng cho ngân sách nhà nước. Theo đó, Cục Thuế Sơn La sẽ thực hiện một số biện pháp như sau:

Thứ nhất, quy định thời điểm xác định thuế Giá trị gia tăng phát sinh đối với xây dựng, lắp đặt là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền. Về thời điểm nộp thuế, cần thực hiện theo khối lượng hoàn thành bàn giao cụ thể. Từng lần thanh toán DN có trách nhiệm nộp đủ số thuế Giá trị gia tăng theo phân bổ (kể cả tạm nộp 2%) đảm bảo cho đến khi hết số tiền chủ đầu tư phải thanh toán cho DN. 

Thứ hai, sau khi DN kê khai số thuế Giá trị gia tăng phải nộp theo quy định, giao cho chủ đầu tư có trách nhiệm làm các thủ tục hạch toán chuyển số thuế tạm nộp 2% vào tào khoản của cơ quan Thuế tại địa phương có công trình phát sinh; số thuế còn lại  nộp vào tài khoản của cơ quan Thuế nơi quản lý trực tiếp.