Trước đó, trong Dự thảo Luật Quản lý thuế được trình Quốc hội tại kỳ họp thứ 9, Quốc hội khoá XI (ngày 7/11/2007) đã có quy định về “Mục đích điều tra thuế”- đây được coi là điều tra hành chính nhằm phát hiện các hành vi trốn thuế, chiếm đoạt tiền thuế để thu đủ tiền thuế vào ngân sách Nhà nước.

Theo đó, trường hợp cơ quan điều tra thuế phát hiện hành vi trốn thuế, chiếm đoạt tiền thuế đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự thì cơ quan quản lý thuế chuyển hồ sơ, tang vật, chứng cứ sang cơ quan có thẩm quyền để điều tra theo quy định của pháp luật tố tụng hình sự.

Theo đó, Dự thảo Luật cũng quy định cụ thể các nguyên tắc điều tra thuế chỉ được thực hiện theo phương án điều tra thuế. Phương án điều tra phải do thủ trưởng cơ quan quản lý thuế phê duyệt, bao gồm đối tượng, nội dung, biện pháp, thời hạn và người thực hiện điều tra. Công chức thuế là thanh tra viên, kiểm tra viên, kiểm tra viên chính, kiểm soát viên chính được thực hiện điều tra thuế...

Các biện pháp áp dụng trong điều tra thuế gồm: Thu thập thông tin, tài liệu liên quan đến đối tượng điều tra. Khám nơi cất giấu hàng hoá, phương tiện đồ vật liên quan đến việc trốn thuế, chiếm đoạt tiền thuế. Tạm giữ hàng hoá, phương tiện, đồ vật liên quan đến việc trốn thuế, chiếm đoạt tiền thuế; Trưng cầu giám định. Tiến hành các biện pháp nghiệp vụ khác theo quy định của pháp luật để thu thập chứng cứ, phát hiện điều tra làm rõ hành vi trốn thuế, chiếm đoạt tiền thuế.

Tuy nhiên, vì nhiều lý do nên quy định về điều tra thuế đã không được Quốc hội thông qua.

Trong hoàn cảnh hiện nay, mặc dù người nộp thuế đã có ý thức tuân thủ tương đối cao nhưng vẫn tồn tại tình trạng một bộ phận người nộp thuế và một số đối tượng khác móc nối với nhau trốn thuế, gian lận thuế; tình trạng này diễn biến phức tạp, phạm vi ngày càng rộng, quy mô ngày càng lớn, thủ đoạn rất tinh vi dẫn đến thất thu thuế. Trong khi đó, cơ quan Thuế chỉ có chức năng là thanh tra người nộp thuế; mặt khác, việc tính thuế thể hiện trên sổ sách, hoá đơn, chứng từ, nhưng nếu người nộp thuế cố tình trốn thuế mà cơ quan thuế chỉ dựa vào những sổ sách, hoá đơn đó sẽ không thể phát hiện ra.

Hiện nay, điều tra thuế đang được giao cho các cơ quan tố tụng hình sự nhưng thực tế các cơ quan phát hiện ra đối tượng trốn thuế rất nhiều nhưng tỷ lệ xử lý được lại rất thấp. Số hồ sơ cơ quan Thuế qua thanh tra phát hiện có khả năng trốn thuế được chuyển cho cơ quan điều tra nhiều nhưng tỷ lệ vụ xử lý được còn thấp.

Để khắp phục tình trạng này trong Chiến lược cải cách hệ thống thuế giai đoạn 2011 – 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt đã đề cập nhiệm vụ của Tổng cục Thuế là: Nghiên cứu, xây dựng bộ phận điều tra thuế và mối quan hệ giữa bộ phận điều tra thuế với cơ quan điều tra của các Bộ liên quan và cơ quan tư pháp.