Chi cục trưởng Chi cục KTSTQ Nguyễn Anh Tuấn cho biết, năm 2014, Chi cục KTSTQ tiếp tục thực hiện kiểm tra DN theo 4 chuyên đề trọng tâm, gồm: Trị giá hải quan; Mã số thuế suất; Chính sách thuế, ưu đãi đầu tư và Chuyên đề gia công, sản xuất xuất khẩu sẽ được triển khai với những mặt hàng, DN trọng điểm. Kết quả, đơn vị đã thực hiện 240 cuộc KTSTQ tại trụ sở DN, với tổng số tiền thuế truy thu cho ngân sách Nhà nước gần 180 tỷ đồng. 

Đối với chuyên đề về trị giá hải quan, Chi cục KTSTQ đã tập trung kiểm tra các mặt hàng nhập khẩu có kim ngạch lớn, thuế cao, giá khai báo thấp, các mặt hàng thuộc Danh mục quản lí rủi ro về giá, các khoản phí phải cộng, tiền bản quyền. Trong đó, có nhiều DN (chủ yếu là DN có vốn đầu tư nước ngoài) bị truy thu hàng chục tỷ đồng tiền thuế… Đặc biệt, Chi cục KTSTQ tập trung kiểm tra các chuyên đề trọng điểm với các hành vi gian lận mới trong lĩnh vực gia công- sản xuất xuất khẩu của các DN có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài. Các hành vi vi phạm chủ yếu là khai sai mã số, trị giá hàng hóa NK, khai tăng định mức sản xuất hàng gia công, lập và khai không đúng hồ sơ thanh khoản gia công- sản xuất xuất khẩu…

Bên cạnh việc thực hiện KTSTQ theo chuyên đề, Chi cục KTSTQ chú trọng thực hiện công tác kiểm tra phúc tập, phối hợp trao đổi thông tin KTSTQ và thông báo kết quả kiểm tra cho các chi cục hải quan cửa khẩu. Áp dụng các biện pháp KTSTQ, kiểm tra việc tuân thủ của DN, đi sâu vào các mặt hàng trọng điểm, rà soát thông tin để thực hiện KTSTQ về gian lận qua giá, qua loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu, đặc biệt là các DN kinh doanh ô tô, hàng tiêu dùng NK, mặt hàng phải chịu thuế Tiêu thụ đặc biệt… Đồng thời, tăng cường kiểm tra, cảnh giác hiện tượng giả mạo chứng từ trong bộ hồ sơ hải quan do DN cung cấp trong quá trình KTSTQ… qua đó phát hiện những sơ hở trong các văn bản quy định hiện hành, tham mưu cho lãnh đạo Cục kiến nghị hoàn thiện văn bản.

Để nâng cao hiệu quả công tác KTSTQ, lãnh đạo Cục Hải quan TP.HCM, Chi cục KTSTQ đã chỉ đạo các đội, tổ công tác trong quá trình thu thập thông tin phục vụ KTSTQ phải lồng ghép việc tuyên truyền phổ biến pháp luật hải quan về kiểm tra sau thông quan kết hợp với hướng dẫn, giải đáp các vướng mắc cho DN. Đồng thời, cơ quan Hải quan đề nghị DN cung cấp thông tin và chủ động rà soát hồ sơ hải quan đã được thông quan, nếu có vấn đề nào chưa rõ thì cung cấp thông tin kết hợp trao đổi trực tiếp với cơ quan Hải quan để được hướng dẫn. Cách làm này vừa tăng thu cho ngân sách Nhà nước vừa hỗ trợ DN hiểu và thực hiện tốt các quy định về pháp luật hải quan . Hiệu quả thu được từ công tác này là một DN có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài tại TP.HCM nhập khẩu thực phẩm từ Thái Lan sau khi được hướng dẫn giải thích của Chi cục KTSTQ đã chủ động rà soát khai báo bổ sung tiền bản quyền vào trị giá tính thuế của hàng hoá nhập khẩu đã thông quan từ năm 2009 với tổng số tiền thuế khai và nộp bổ sung hơn 27 tỉ đồng.

Tiếp đó, vào đầu tháng 12/2014, từ thông tin nghi vấn, Chi cục KTSTQ đã tiến hành kiểm tra một DN có vốn đầu tư nước ngoài, chuyên sản xuất đồ thể thao, phát hiện DN khai báo thiếu các khoản phí phải cộng vào trị giá tính thuế; C/O không hợp lệ nên không được hưởng thuế ưu đãi đặc biệt. Sau khi được hướng dẫn, DN đã chủ động nộp vào ngân sách Nhà nước trên 9,2 tỷ đồng.

Theo Chi cục KTSTQ , công tác KTSTQ tại trụ sở cơ quan Hải quan hiện đang trùng giẫm, chưa phát huy hiệu quả. Hiện nay, KTSTQ tại trụ sở cơ quan Hải quan đối với các tờ khai thông quan trong vòng 60 ngày theo quy định tại Điều 144 Thông tư 128/2013/TT-BTC là hoàn toàn trùng lặp với công tác phúc tập hồ sơ  tại các chi cục hải quan cửa khẩu. Bởi vì, tại các chi cục hải quan cửa khẩu, công chức được giao nhiệm vụ phúc tập hồ sơ sử dụng chức năng phúc tập tờ khai trên chương trình thông quan điện tử để kiểm tra các tờ khai thông quan trong vòng 60 ngày.

Một hạn chế nữa trong quá trình KTSTQ tại trụ sở hải quan đó là, trong trường hợp phát hiện mặt hàng có dấu hiệu nghi vấn thì mở rộng kiểm tra đối với tất cả các DN nhập khẩu mặt hàng đó trong vòng 5 năm hoặc phát hiện DN nghi vấn thì mở rộng kiểm tra DN đó trong vòng 5 năm. Trong đó, đối với nghi vấn về mã số, thuế suất, C/O… phải mở rộng trong vòng 5 năm thì mới đảm bảo kiểm tra được đầy đủ và toàn diện. Do đó, nếu chỉ dừng lại kiểm tra đối với các tờ khai hải quan thông quan trong vòng 60 ngày thì không hiệu quả và gây phiền hà cho