Tuy nhiên, số nợ thuế, phí tại Cục Thuế Hà Nội vẫn còn khoảng 5.300 tỷ đồng, chiếm 5,5% so với dự toán pháp lệnh thu ngân sách trừ dầu và tiền sử dụng đất năm 2012. Một trong những nguyên nhân của tình trạng nợ đọng thuế được Cục Thuế Hà Nội chỉ ra là do nhận thức về trách nhiệm và nghĩa vụ nộp thuế của một số người nộp thuế (NNT) chưa cao, chưa tự giác.

Công tác tuyên truyền, phê phán chưa thường xuyên nên tạo sự không bình đẳng giữa NNT tốt và NNT chây ỳ nợ đọng thuế. Mặt khác, vẫn còn có một bộ phận NNT cố tình chây ỳ, dây dưa, chiếm dụng tiền thuế. Ngoài ra, thị trường bất động sản trầm lắng, việc giao đất, giải phóng mặt bằng chậm, ngân hàng hạn chế cho vay... dẫn tới nợ thuế đất tăng cao.

Bên cạnh đó, sự phối hợp của các cơ quan Thuế, Ngân hàng, Công an và các cấp Chính quyền trong công tác thu nợ chưa hiệu quả... Đến các chế tài liên quan đến công tác cưỡng chế nợ không đủ mạnh để răn đe các vi phạm nợ thuế.

Trong năm 2012, Cục Thuế Hà Nội đã xác định công tác đôn đốc thu nợ thuế là một trong những nhiệm vụ trọng tâm nhằm thu nợ kịp thời, giảm thiểu nợ đọng thuế, đồng thời kịp thời tháo gỡ vướng mắc cho NNT. Theo đó, Cục đã thành lập tổ công tác kiểm tra, giám sát việc tổ chức thực hiện từ Cục xuống tới 29 chi cục thuế để rà soát việc kê khai, quyết toán thuế của các DN, tổ chức, cá nhân nhằm thu đúng, thu đủ, thu kịp thời các khoản thuế, phí,lệ phí, thu từ đất và các khoản thu khác vào ngân sách nhà nước.

Tăng cường chỉ đạo các đơn vị tiếp tục giao chỉ tiêu thu nợ hàng tháng đến từng bộ phận, từng cán bộ thuế, giám sát việc kê khai thuế của NNT và đôn đốc thu, hạn chế thấp nhất các khoản nợ mới phát sinh. Phân loại nợ, phân tích số nợ thực tế; đánh giá tính chất, mức độ, nguyên nhân nợ của từng NNT, nhất là khối xây dựng cơ bản liên quan đến vốn ngân sách.

Theo đó, Cục thuế Hà Nội đã thành lập trên 300 đoàn kiểm tra đôn đốc thu các đơn vị có số nợ thuế lớn. Đặc biệt thực hiện Chỉ thị số 22/CT-TTg ngày 5/9/2012  của Thủ tướng Chính phủ về việc thực hiện nhiệm vụ công tác tài chính- ngân sách Nhà nước những tháng cuối năm 2012 , Cục Thuế Hà Nội đã tăng cường rà soát việc giãn thu tiền sử dụng đất của các DN theo Nghị quyết 13 của Chính phủ. Đối với DN cố tình chây ỳ, cơ quan Thuế phối hợp với cơ quan chức năng khác như: Tài chính, Công an, Ngân hàng... để có biện pháp xử lý.

Kết quả, trong 3 tháng cuối năm, thực hiện các biện pháp kiểm tra đôn đốc thu theo Chỉ thị 22, Cục thuế Hà Nội đã kiểm tra 9.930 lượt DN, với tổng số tiền nợ thu về ngân sách nhà nước là 4.129 tỷ đồng, truy thu và phạt 252 tỷ đồng.

Nhiệm vụ đặt ra năm 2013, Cục Thuế Hà Nội sẽ tiếp tục phối hợp với các ngành, các cấp để triển khai đồng bộ các giải pháp quản lý thuế, đặc biệt công tác đôn đốc thu, chống thất thu, xử lý nợ đọng. Tăng cường cưỡng chế nợ thuế và sẽ công khai các trường hợp cố tình dây dưa nợ, nợ thuế lớn, thời gian nợ kéo dài lên các phương tiện thông tin đại chúng. Phấn đấu đến cuối năm 2013 đạt mức giới hạn cho phép dưới 5% tổng số nợ thuế và phí.