Trong năm 2012, Cục Thuế tỉnh Phú Thọ đã thực hiện hiệu quả nhiều giải pháp thanh tra, kiểm tra như: Đẩy mạnh việc kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế và  tại trụ sở người nộp thuế. Đơn vị cũng đã tiến hành thanh tra, kiểm tra trên cơ sở thu thập, phân tích thông tin về người nộp thuế, bộ tiêu chí đánh giá rủi ro; tăng cường thanh tra, kiểm tra theo chuyên đề và phối hợp với các cơ quan chức năng liên quan trong công tác thanh tra, kiểm tra chống thất thu ngân sách...

Kết quả trong năm 2012, toàn ngành đã thực hiện thanh tra 138 doanh nghiệp, đạt 145% kế hoạch và tăng 15% so với năm 2011; kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được 502 doanh  nghiệp, đạt 93% kế hoạch, tăng 47 doanh nghiệp so với cùng kỳ năm trước.

Qua thanh tra, kiểm tra, đơn vị đã truy thu, xử phạt là hơn 13 tỷ đồng, truy hoàn 663 triệu đồng, giảm khấu trừ thuế giá trị gia tăng hơn 5,1 tỷ đồng, giảm lỗ gần 17 tỷ đồng. Kết quả này, đã góp phần vào việc hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ thu ngân sách nhà nước của đơn vị với số thu đạt 2.598 tỷ đồng, bằng 121% dự toán Bộ Tài chính giao, bằng 115% dự toán HĐND tỉnh Phú Thọ giao, bằng 112% dự toán phấn đấu và tăng 19% so với cùng kỳ năm 2011.

Bước vào năm 2013, công tác thanh tra, kiểm tra được Cục Thuế tỉnh Phú Thọ đẩy mạnh hơn nữa khi nhiệm vụ thu ngân sách được Bộ Tài chính và HĐND tỉnh giao cao hơn và số thuế gian hạn, giảm một số loại thuế theo Nghị quyết số 02/NQ-CP của Chính phủ cho các đối tượng khá lớn.

Đặc biệt, tình trạng doanh nghiệp kê khai thuế không đúng, không đủ nhằm giảm số thuế phải nộp vẫn diễn ra khá phổ biến…Trước thực trạng đó, để phấn đấu hoàn thành dự toán thu ngân sách được Bộ Tài chính, HĐND tỉnh giao thu hơn 2.500 tỷ đồng, hiện nay nhiều giải pháp thanh tra, kiểm tra đang được các đơn vị thuế địa phương quyết liệt thực hiện, với trách nhiệm cao nhất. Tại Quyết định số 2180/QĐ-TCT ngày 27/12/2012 của Tổng cục Thuế về việc giao nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra doanh nghiệp năm 2013 yêu cầu, Cục Thuế phấn đấu thanh tra tại doanh nghiệp đang hoạt động đạt tỷ lệ 1,79% và kiểm tra đạt 13% tại trụ sở người nộp thuế.

Đồng thời, Tổng cục Thuế yêu cầu, Cục Thuế tiếp tục triển triển khai hiện đại hoá công tác thanh tra, kiểm tra; nâng cao năng lực cán bộ; trú trọng thanh tra chuyên đề và doanh nghiệp lớn, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài; thực hiện đôn đốc kịp thời vào ngân sách số thuế truy và phạt đạt từ 75% đến 80% số thuế qua thanh tra, kiểm tra.

Trên cơ sở đó, Cục Thuế Phú Thọ đã xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra ngay từ đầu năm; trong đó trọng thanh tra, kiểm tra đột xuất theo yêu cầu quản lý thuế, kết hợp kiểm tra tình hình quản lý và sử dụng hoá đơn (tập trung vào các doanh nghiệp có quy mô kinh doanh và danh số lớn, doanh nghiệp lỗ liên tục, doanh nghiệp có dấu hiệu chuyển giá, tăng cường thanh tra, kiểm tra theo chuyên đề, đẩy mạnh kiểm tra sau hoàn thuế… Theo ghi nhận tại các đơn vị thuế cho thấy, các giải pháp này đã và đang được thực hiện với tinh thần, trách nhiệm cao và đã có những kết quả bước đầu tích cực.

Đặc biệt, để hoàn thành toàn diện mục tiêu thanh tra, kiểm tra phấn đấu hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ thu ngân sách được Bộ Tài chính và HĐND tỉnh giao cũng như chỉ đạo trực tiếp của Tổng cục Thuế, Cục Thuế tỉnh Phú Thọ đang quyết liệt thực hiện nhiều giải pháp thanh tra, kiểm tra.

Cụ thể, Cục Thuế đang thúc chỉ đạo các đơn vị thuế kiểm tra hồ sơ tại cơ quan thuế; đặc biệt, chú trọng kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, hồ sơ ưu đãi thuế, hồ sơ khai thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế nộp thay nhà thầu nước ngoài. Đồng thời, tổng hợp, đúc kết các thủ đoạn gian lận thuế, các hành vi vi phạm quan thanh tra của năm trước để phổ biến, chỉ đạo các phòng, chi cục thuế ra soát kiểm tra hồ sơ khai thuế của các doanh nghiệp thuộc ngành, lĩnh vực có hành vi vi phạm thuế để đôn đốc họ thực hiện đúng quy định.

Các cán bộ Cục Thuế  tỉnh Phú Thọ tích cực rà soát lại tài liệu, tập trung phân tích, tìm ra các dư địa, các chuyên đề, lĩnh vực rui ro để khai thác tăng thu; tập trung rà soát lại việc kê khai của các đơn vị có giao dịch liên kết, các doanh nghiệp lỗ liên tục có dấu hiệu chuyển giá.

Đối với công tác cải cách hiện đại hoá thanh tra, Cục Thuế chỉ đạo các phòng, các chi cục tiếp tục rà soát và nhập các dữ liệu báo cáo tài chính tại ứng dụng hệ thống báo cáo tài chính; các dữ liệu về kết quả thanh tra, kiểm tra tại ứng dụng của hệ thống hỗ trợ thanh tra, kiểm tra.