Thị trường Việt Nam đang tiêu thụ sản phẩm nhập khẩu gồm nông, lâm, thủy hải sản... với tổng trị giá ước đạt 824.554 tỷ đồng. Ước tính, số thuế giá trị gia tăng (GTGT) phải nộp của các doanh nghiệp kinh doanh nông sản là 37.340 tỷ đồng; Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp từ hoạt động sản xuất kinh doanh là 41.757 tỷ đồng.

Phó Cục trưởng Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh Thái Minh Giao cho biết, trong 2 năm (2022 - 2023), có 3.258 doanh nghiệp kinh doanh nông sản nhập khẩu do đơn vị quản lý.

Tuy nhiên, trong số đó có 1.343 doanh nghiệp nằm trong danh sách đánh giá rủi ro của Tổng cục Thuế, cùng với nhiều doanh nghiệp đã lợi dụng chính sách thuế áp dụng đối với các mặt hàng nông sản, thủy hải sản chưa qua chế biến nhập khẩu khi xuất bán cho các doanh nghiệp thì không phải kê khai nộp 5% thuế GTGT (nếu xuất bán cho khách hàng là hộ, cá nhân thì phải nộp 5% thuế GTGT theo quy định) và những doanh nghiệp này không kê khai đầy đủ doanh thu, thuế thu nhập doanh nghiệp. Uóc tính số doanh nghiệp này có số thuế nộp ngân sách nhà nước là khoảng 41 nghìn tỷ và hơn 1.100 tỷ tiền hoàn thuế.

Theo Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh, qua rà soát trên địa bàn có nhiều doanh nghiệp thực hiện bán nông sản theo phương thức giao dịch liên kết, bán qua nhiều doanh nghiệp với mục đích tăng chi phí nhằm giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, việc chênh lệch giá mua và giá bán tương đối lớn…

Để kịp thời ngăn chặn, xử lý các trường hợp trên, Cục Thuế đã và đang phối hợp chặt chẽ với Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, các cơ quan chức năng đẩy mạnh rà soát, phân nhóm, lập kế hoạch cụ thể về thanh tra, kiểm tra các doanh nghiệp theo lĩnh vực kinh doanh có dấu hiệu rủi ro, các doanh nghiệp thuộc diện kiểm tra theo chuyên đề…

Đặc biệt, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đang tiếp tục rà soát tổ chức thanh tra, kiểm tra đối với các doanh nghiệp nằm trong danh sách đánh giá rủi ro của Tổng cục Thuế và 1.420 doanh nghiệp nhập khẩu các mặt hàng thực phẩm tươi sống (trong năm 2024) từ cơ sở dữ liệu của Hải quan TP. Hồ Chí Minh cung cấp.

Cùng lúc, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh cũng chỉ đạo các đơn vị trực thuộc, bộ phận kê khai thuế định kỳ hàng quý, thống kê danh sách các doanh nghiệp phát sinh hoạt động nhập khẩu, kinh doanh mặt hàng nông sản và số thuế GTGT, thu nhập doanh nghiệp kê khai của các doanh nghiệp này để tổng hợp mức kê khai bình quân ngành. Sau đó tổng hợp danh sách doanh nghiệp kê khai có rủi do về thuế để chuyển cho bộ phận thanh tra, kiểm tra rà soát, kiểm tra.

Đồng thời, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh tiếp tục đẩy mạnh phối hợp chặt chẽ giữa công tác thanh tra, kiểm tra và kê khai để thực hiện thanh kiểm tra các doanh nghiệp phát sinh hoạt động nhập khẩu, kinh doanh mặt hàng nông sản có rủi ro nhằm kịp thời ngăn chặn các trường hợp vi phạm.

Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh cũng kiến nghị cơ quan có thẩm quyền cần thống nhất về thuế suất thuế GTGT thuộc trường hợp không phải kê khai tính nộp thuế từ khâu nhập khẩu, sản xuất, thương mại và tiêu dùng đối với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ hải sản nói chung và sản phẩm nông sản nói riêng chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường

Các cơ quan chức năng cần quy định cụ thể các tiêu chí đánh giá rủi ro và cách thức rà soát, xử lý thuế đối với doanh nghiệp kinh doanh nông sản nhập khẩu có rủi ro nhằm góp phần mang lại hiệu quả cho công tác quản lý thuế và đảm bảo nguồn thu cho NSNN.