Các quy định về quản lý hải quan nói riêng và quản lý nhà nước nói chung thường xây dựng theo hướng phù hợp với phần lớn đối tượng quản lý, nên các quy định đó phù hợp với số đông đối tượng, nhưng mặt khác lại là quá mức cần thiết đối với bộ phận đối tượng tuân thủ tốt, độ rủi ro thấp. Tình trạng quá mức cần thiết đó vừa gây khó khăn, tăng chi phí cho DN, vừa lãng phí nguồn lực quản lý của cơ quan Hải quan. Vì vậy, chương trình “DN ưu tiên” là một giải pháp khắc phục bất cập đó.

Tuy nhiên, Luật Hải quan hiện hành tại Điều 30 mới chỉ đề cập đến việc miễn kiểm tra đối với DN chấp hành tốt pháp luật về hải quan, chưa quy định điều kiện xác định và các chế độ ưu tiên khác đối với các DN đáp ứng đủ điều kiện.

Hiện nay Tổng cục Hải quan đã triển khai chương trình DN ưu tiên theo Thông tư 63/2011/TT-BTC quy định về áp dụng chế độ ưu tiên trong quản lý nhà nước về Hải quan đối với DN đủ điều kiện, qua thời gian thực hiện thí điểm triển khai đã được cộng đồng DN đánh giá cao...

Chương trình “DN ưu tiên” đã dành một số ưu tiên vượt trội cho một số DN đáp ứng đủ điều kiện. Quy định này nhằm tạo thuận lợi tối đa, giảm chi phí cho hoạt động XNK, tạo điều kiện cho cơ quan Hải quan tập trung nguồn lực quản lý đối với các đối tượng rủi ro cao, nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước của cơ quan Hải quan...

Hiện tại, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế cũng đã có quy định về các tiêu chí để được áp dụng biện pháp ưu tiên đối với người nộp thuế. Tuy nhiên, trong lĩnh vực hải quan, ngoài thủ tục thuế còn có các thủ tục khác cần có cơ chế ưu tiên để khuyến khích DN thực hiện tốt quy định về quản lý hải quan.

Tham khảo Chuẩn mực chuyển tiếp 3.32 Công ước Kyoto, Khung tiêu chuẩn về An ninh và Tạo thuận lợi thương mại toàn cầu của Tổ chức Hải quan thế giới, khuyến nghị xây dựng chương trình về DN ưu tiên (AEO). Theo đó, các chủ thể kinh tế đáp ứng các tiêu chí quy định sẽ được hưởng những ưu đãi về thủ tục nhất định. Hiện nay, Việt Nam được thực hiện thí điểm áp dụng chế độ ưu tiên, được các DN chấp hành tốt pháp luật đánh giá cao.

Nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho các DN có quá trình tuân thủ pháp luật tốt, DN có kim ngạch XNK lớn, chế độ quản trị tốt được áp dụng thủ tục hải quan thuận lợi; đồng thời để tạo tiền đề thực hiện việc công nhận chế độ ưu tiên giữa các quốc gia như hải quan các nước. (Ví dụ: Hải quan Hàn Quốc thực hiện công nhận lẫn nhau với 5 quốc gia; Mỹ thực hiện công nhận lẫn nhau với 7 quốc gia; Nhật Bản thực hiện công nhận lẫn nhau với 6 quốc gia,...).

Điều 37. Chế độ ưu tiên đối với DN

1. Miễn kiểm tra hồ sơ hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm hoặc kiểm tra ngẫu nhiên để đánh giá sự tuân thủ pháp luật.

2. Được làm thủ tục hải quan bằng tờ lược khai hoặc chứng từ thương mại; hoàn chỉnh tờ khai, bổ sung hồ sơ hải quan trong thời hạn quy định.

3. Được ưu tiên khi thực hiện các thủ tục về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; điều kiện được công nhận ưu tiên về thuế thực hiện theo pháp luật về thuế.

Điều 38. Điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên

Để được áp dụng chế độ ưu tiên, DN phải đáp ứng các điều kiện sau:

1. Có quá trình tuân thủ tốt pháp luật hải quan, pháp luật thuế;

2. Có kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu hàng năm đạt mức quy định;

3. Thực hiện thủ tục hải quan, thủ tục thuế điện tử; có chương trình công nghệ thông tin quản lý hoạt động xuất nhập khẩu của DN nối mạng với cơ quan hải quan;

4. Thực hiện thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật;

5. Có hệ thống kiểm soát nội bộ rõ ràng.

6. Chấp hành đúng quy định của pháp luật về kế toán

7. DN hoạt động ở nước ngoài có quan hệ xuất nhập khẩu với Việt Nam đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định của Luật này và thuộc quốc gia đã ký thỏa thuận về công nhận DN ưu tiên lẫn nhau với Việt Nam.

Chính phủ quy định cụ thể chế độ, điều kiện, thủ tục công nhận, công nhận lại, tạm đình chỉ, đình chỉ, chế độ quản lý và  công nhận lẫn nhau giữa các nước đối với DN được áp dụng chế độ ưu tiên.

Theo ban soạn thảo Luật Hải quan sửa đổi, quy định này phù hợp với khung tiêu chuẩn về an ninh và tạo thuận lợi thương mại toàn cầu của Tổ chức Hải quan thế giới, Công ước Kyoto sửa đổi (chuẩn mực chuyển tiếp 3.32) và Luật Hải quan các nước như Úc, Canada, Mexico, Thụy Điển... Dự thảo cũng quy định rõ quyền và trách nhiệm của cơ quan Hải quan, trách nhiệm của DN được áp dụng chế độ ưu tiên.