Cụ thể, Bộ Tài chính đề xuất bổ sung như sau: Số tiền thu được từ phí, lệ phí được quản lý, sử dụng theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí, pháp luật về ngân sách nhà nước và pháp luật có liên quan.

Bên cạnh đó, số tiền thu được từ cung cấp dịch vụ quy định tại khoản 5 Điều 17 Nghị định này, doanh nghiệp quản lý tài sản đường sắt được sử dụng 80% để chi trả các chi phí có liên quan đến hoạt động quản lý, khai thác tài sản, trả nợ vốn vay, vốn huy động liên quan đến khai thác tài sản (nếu có) để đầu tư, nâng cấp, mở rộng tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt và thực hiện nghĩa vụ tài chính với nhà nước theo quy định của pháp luật và phải hạch toán vào doanh thu của doanh nghiệp. Phần còn lại (20%) nộp vào ngân sách nhà nước. Việc quản lý, sử dụng số tiền doanh nghiệp quản lý tài sản đường sắt được sử dụng (80%) thực hiện theo cơ chế tài chính của doanh nghiệp quản lý tài sản đường sắt.

Theo Bộ Tài chính, lý do của đề xuất này là xuất phát từ thực tế triển khai hoạt động khai thác tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia tại Tổng công ty đường sắt Việt Nam (VNR) thời gian qua quy định tại Nghị định 46/2018/NĐ-CP có một số tồn tại, vướng mắc.

Có thể kể đến như: Không phê duyệt được dự toán chi phí có liên quan đến việc khai thác tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia do thiếu các tiêu chuẩn, định mức, chế độ do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định; thiếu cơ sở để phê duyệt các nội dung chi ngoài định mức do doanh nghiệp thực hiện và chịu trách nhiệm. Việc xây dựng hệ thống định mức này cũng rất phức tạp, cần nhiều thời gian xây dựng, thẩm định, ban hành, đồng thời cũng không bao quát toàn bộ các yếu tố chi phí có thể phát sinh trong tương lai.

Do vậy, VNR đã phải chủ động dùng nguồn vốn kinh doanh của doanh nghiệp để chi trả kịp thời cho các khoản chi phí phát sinh liên quan đến việc khai thác, cho thuê tài sản, có thể phải tạm thời hạch toán vào chi phí kinh doanh trong kỳ kế toán, ảnh hưởng đến nguồn vốn kinh doanh, các chỉ tiêu tài chính và hiệu quả kinh doanh của doanh nghiệp. Như vậy, quy định trên chưa đảm bảo phù hợp giữa quyền và trách nhiệm của doanh nghiệp, làm giảm động lực của doanh nghiệp đối với việc khai thác, cho thuê tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia.

Cùng với đó, việc quản lý, sử dụng số tiền thu được từ khai thác tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia theo phương án này là kế thừa các quy định trước đây (theo mức "khoán" tỷ lệ để lại/nộp ngân sách nhà nước) sẽ khắc phục được tồn tại, vướng mắc nêu trên.

Đồng thời giúp doanh nghiệp quản lý tài sản khai thác tài sản được chủ động chi trả, thanh toán bù đắp các chi phí phát sinh thực tế trong quá trình tạo ra nguồn thu cho thuê từ khai thác tài sản; nâng cao trách nhiệm của doanh nghiệp trong quản trị chi phí cho thuê, góp phần nâng cao hiệu quả kinh doanh của doanh nghiệp, tạo động lực để doanh nghiệp tăng cường, nâng cao hiệu quả hoạt động cho thuê, tăng tối đa nguồn thu cho ngân sách nhà nước; thuận lợi cho công tác thanh, kiểm tra, giám sát của các cơ quan nhà nước đối với hoạt động khai thác kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia.

Hàng năm, sau khi thực hiện việc trích nộp 20% tiền thu nộp ngân sách nhà nước theo quy định, 80% tiền thu còn lại đã được VNR hạch toán vào doanh thu và thực hiện phê duyệt kế hoạch chi rõ ràng, trong đó, phần lớn (khoảng 30%) tiền thu được sử dụng để quay lại đầu tư, nâng cấp các tài sản đang được khai thác, kinh doanh, không chỉ góp phần nâng cao chất lượng hạ tầng đường sắt nhằm đáp ứng chất lượng dịch vụ đường sắt theo yêu cầu mà còn giảm kinh phí từ ngân sách nhà nước để bảo trì, sửa chữa các tài sản này.