Dự án Hiện đại hóa quy trình thu nộp Ngân sách nhà nước (NSNN) khởi đầu được đặt ra với các mục tiêu: Thông tin nhanh số thu vào NSNN qua Kho bạc; Giảm nguồn lực nhập cùng loại thông tin về chứng từ thu tại các đơn vị Tài chính; Tập trung quản lý đối với các khoản thu vào NSNN và các khoản tạm thu qua Kho bạc Nhà nước, khắc phục tình trạng không thống nhất về thông tin; Đáp ứng xu hướng hiện đại hóa công tác tài chính quốc gia và xây dựng chính phủ điện tử; Cải cách thủ tục hành chính, tạo thuận lợi cho người nộp thuế khi thực hiện nghĩa vụ nộp ngân sách; Tạo tiền đề triển khai Ủy nhiệm thu qua ngân hàng và dự án TABMIS.

Khởi xướng dự án này từ những năm 2000 có cơ sở từ “Dự án gửi, nhận chứng từ cho các hộ cá thể công thương nghiệp”. Năm 2005, dự án được đổi tên thành “Dự án Hiện đại hóa quy trình thu nộp NSNN giữa cơ quan Thuế - Kho bạc – Hải quan – Tài chính” và thực hiện triển khai thí điểm tại TP. Hải Phòng, Vũng Tàu, Hồ Chí Minh với phạm vi triển khai gồm các đơn vị Thuế, Kho bạc, Tài chính.

Ngày 8/10/2006, ngành Hải quan cũng chính thức tham gia vào dự án với Quyết định số 3414/QĐ-BTC do Bộ trưởng Bộ Tài chính ký, cho phép triển khai Dự án hiện đại hoá quy trình quản lý thu, nộp thuế giữa bốn cơ quan: Thuế - Kho bạc Nhà nước - Hải quan - Tài chính.

Từ tháng 7/2007 đến 06/2008, Tổng Cục thuế, Kho bạc Nhà nước, Tổng Cục Hải quan, Cục Tin học & Thống kê Tài chính phối hợp với Công ty FPT tiến hành xây dựng và triển khai dự án Hiện đại hóa thu nộp NSNN giai đoạn 1. Giai đoạn này tập trung chủ yếu vào việc nâng cấp chương trình trao đổi thông tin giữa các cơ quan; Triển khai thí điểm hệ thống, quy trình thu NSNN qua Kho bạc Hải Phòng và Hải Dương từ 06/2008 đến 08/2008; Vận hành chính thức hệ thống tại Hải Phòng và Hải Dương từ 01/08/2008 đến 31/12/2008.

Ngày 19/5/2009, Bộ Tài chính ra Quyết định số 1027/QĐ-BTC chính thức ban hành quy trình quản lý thu NSNN giữa 4 ngành Thuế, Kho bạc, Hải quan, Tài chính để làm cơ sở cho việc xây dựng và phát triển các ứng dụng trao đổi thông tin của 4 Ngành. Trước đó, năm 2008 triển khai giai đoạn 1 cho 34 tỉnh và 103 huyện, 1 Cục Hải quan Hải Phòng và 7 Chi cục Hải quan.

Năm 2009 triển khai mở rộng giai đoạn 1 đáp ứng TABMIS 2009 cho 2 tỉnh và 108 huyện, 23 Cục Hải quan và 127 Chi cục Hải quan. Đến năm  2010 dự án tiếp tục triển khai mở rộng giai đoạn 1 đáp ứng TABMIS 2010 cho 17 tỉnh và 308 huyện, 8 Cục Hải quan và 48 Chi cục Hải quan.

Kết thúc giai đoạn 1, tổng số điểm triển khai của các đơn vị trên cả nước đã triển khai ứng dụng gồm: Ngành Thuế đã hoàn thành việc triển khai cho 53 Cục và 516 Chi cục Thuế; Ngành Kho Bạc đã hoàn thành việc triển khai cho 53 Kho bạc tỉnh/thành phố và 516 Kho bạc quận/huyện; Ngành Hải quan đã hoàn thành việc triển khai cho 32 Cục và 192 Chi cục Hải quan; Ngành Tài chính đã hoàn thành việc triển khai cho 36 Sở và 210 Phòng Tài chính.

Dự án đã được đánh giá cao trong việc góp phần đơn giản hóa và cải cách triệt để thủ tục hành chính trong quy trình thu nộp, tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế thực hiện nghĩa vụ với NSNN. Người nộp thuế thay vì lập 4 liên giấy nộp tiền vào ngân sách chỉ cần lập 1 liên bảng kê nộp thuế theo mẫu đơn giản. Các đơn vị liên quan đã giảm thiếu được tối đa thời  gian nhập liệu do dữ liệu về người nộp thuế được các cơ quan liên quan kết xuất truyền sang. Khi thực hiện quy trình trao đổi số thu này, các cơ quan Tài chính sử dụng chung nguồn dữ liệu, do đó, đã thống nhất được dữ liệu giữa các cơ quan, loại bỏ được tình trạng chênh lệch, sai sót về số thu trước đây. Qua đó, dự án đã giúp các cơ quan Tài chính, cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế nắm được các số thu, số đã phân chia ngân sách… trên từng địa bàn để có biện pháp chỉ đạo điều hành thu kịp thời.

Để tiếp tục mở rộng phạm vi triển khai của hệ thống trên cả nước, ngày 18/4/2011, Bộ Tài chính tiếp tục phê duyệt triển khai dự án “Hiện đại hóa thu NSNN giữa cơ quan Thuế - Kho bạc – Hải quan – Tài chính giai đoạn 2”.

Mục tiêu của dự án trong giai đoạn 2 gồm:

- Nâng cấp và triển khai hệ thống trao đổi thông tin Thuế - Kho bạc - Hải quan – Tài chính phủ kín trên toàn quốc.

- Nâng cấp hệ thống cho phép sử dụng chữ ký số chuyên dùng do Ban cơ yếu cấp để tạo, gửi, lưu trữ bảng kê chứng từ thu điện tử thay thế bảng kế giấy.

- Nâng cấp Trung tâm trao đổi Trung ương tại Bộ Tài chính.

- Thực hiện hỗ trợ vận hành và bảo trì nâng cấp hệ thống sau trên cả nước.

- Xây dựng kế hoạch tuyên truyền và thiết kế nội dung tuyên truyền trong nội bộ ngành Tài chính, người nộp thuế và các đơn vị có liên quan.

- Thực hiện đào tạo tập huấn cho các đơn vị địa phương.

Đến tháng 10/2011, dự án đã hoàn thành việc phân tích và nâng cấp ứng dụng trao đổi thông tin 4 ngành nhằm đáp ứng các yêu cầu thay đổi tại Thông tư 28, thông tư 198 và thông tư 85 của Bộ Tài chính; Hoàn thành việc phân tích và nâng cấp ứng dụng Thu thuế trực tiếp của Kh bạc Nhà nước từ mô hình phân tán lên tập trung tại đơn vị Kho bạc; Triển khai thí điểm hệ thống nâng cấp đợt 1 từ ngày 22/8 đến 26/8 tại Hải Dương, Hưng Yên và Phú Thọ trước khi triển khai nâng cấp diện rộng trên toàn quốc.

Để thực hiện triển khai cho các tỉnh, từ ngày 18/10/2011 đến 28/10/2011 Tổng cục Thuế đã thực hiện đào tạo tập trung cho 10 Cục Thuế  gồm: Hoà Bình, Ninh Bình, Lai Châu, Điện Biên, Sơn La, Cao Bằng, Bắc Kạn, Ninh Thuận, Kon Tum, Đắc Nông. Tham gia khóa tập huấn có đại diện lãnh đạo Cục Thuế, lãnh đạo, cán bộ của phòng Kê khai và Kế toán thuế và phòng tin học. Ngoài ra còn có sự tham dự của cac đại biểu các Cục Thuế Thanh Hóa, Thái Nguyên, Gia Lai, Đắk Lăk.

Để hoàn thành mục tiêu triển khai phủ kín hệ thống trao đổi thông tin trên toàn quốc cho ngành Thuế và Kho bạc, tháng 10/2011, dự án đã thực hiện triển khai cho 10 tỉnh còn lại và triển khai nâng cấp cho 53 tỉnh/thành phố trên cả nước đế đáp ứng những thay đổi của thông tư 198 và 28 đã được Bộ Tài chính ban hành trong thời gian trước đó.

Cùng với việc triển khai hệ thống trao đổi thông tin nâng cấp cho ngành Thuế, Kho bạc Nhà nước cũng thực hiện nâng cấp hệ thống Thu thuế trực tiếp phân tán lên hệ thống Thu thuế Tập trung. Trong thời gian Kho bạc triển khai hệ thống từ phân tán lên tập trung, ngành Thuế đã phối hợp chặt chẽ với Kho bạc tại các địa phương để thực hiện chốt số liệu giữa 2 Ngành trên hệ thống Thu thuế phân tán và phối hợp theo dõi truyền nhận bằng hệ thống Thu thuế tập trung trong thời gian đầu sau triển khai.

Trong năm 2012, dự án còn thực hiện thiết kế, triển khai chuyển đổi mô hình trao đổi thông tin của Ngành thuế theo hướng tập trung tại cấp Tổng Cục Thuế. Tức là, thay vì các Cục thuế trực tiếp kết nối lên Trung tâm Trao đổi Trung ương thì sẽ kết nối với Tổng Cục Thuế. Tổng Cục Thuế sẽ kết nối với Trung tâm Trao đổi Trung ương thay cho toàn bộ 63 Cục thuế. Việc quản lý tập trung tại cấp Tổng Cục sẽ giúp cho việc lưu trữ, khai thác dữ liệu bảng kê chứng từ điện tử gắn chữ ký số của Kho bạc được an toàn và  toàn vẹn.

Dự kiến trong năm 2013, dự án sẽ hoàn thành việc triển khai diện rộng giai đoạn nâng cấp ứng dụng Trao đổi thông tin của 4 Ngành đáp ứng nội dung truyền nhận bảng kê chứng từ điện tử có gắn chữ ký số thay thế quy trình truyền nhận bảng kê giấy hiện hành theo yêu cầu của Bộ tài chính.