Xử lý thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa

Vướng mắc về việc hoàn thuế GTGT hàng NK nộp thừa, Cục Hải quan Bắc Ninh thắc mắc, việc xác định thuế GTGT của hàng hóa NK nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài có được coi là nộp thừa và được hoàn trả theo quy định tại công văn 5554/TCHQ-TXNK hay không?

Trả lời vấn đề này, Vụ Pháp chế - Tổng cục Hải quan cho biết, đối với các vướng mắc về nộp nhầm, nộp thừa thuế GTGT, hiện nay, Tổng cục Hải quan đang lấy ý kiến các đơn vị có liên quan để trình Bộ hướng dẫn chung đối với Cục Hải quan, Cục Thuế các tỉnh, thành phố theo hướng như sau: Thời điểm tính thuế là thời điểm đăng ký tờ khai hải quan.

Bên cạnh đó, theo quy định tại khoản 13 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, điểm a khoản 1 Điều 29 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP của Chính phủ, điểm a khoản 1 Điều 26 Thông tư số 128/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính, thì: “Tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với hàng hóa XK, NK được coi là nộp thừa trong các trường hợp: Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp …”.

Căn cứ các quy định nêu trên thì đối với trường hợp hàng hóa NK vì một lý do nào đó phải XK trả lại nhà cung cấp nước ngoài (hoặc XK vào khu phi thuế quan hoặc XK sang nước thứ ba) không phải là nộp nhầm, thừa thuế GTGT, do tại thời điểm NK, DN kê khai là hàng hóa nhập kinh doanh thông thường (hàng hóa không thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại Điều 5 Luật thuế GTGT và phải nộp thuế GTGT theo đúng quy định).

Cũng theo quy định tại Luật thuế GTGT, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thì DN căn cứ vào chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu NK để thực hiện kê khai khấu trừ, hoàn thuế GTGT với cơ quan Thuế theo quy định.

Vấn đề này Tổng cục Hải quan sẽ có công văn trả lời trong thời gian sớm nhất sau khi có ý kiến chỉ đạo của Lãnh đạo Bộ.

Ưu đãi thuế đầu tư

Vướng mắc về ưu đãi thuế đầu tư, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh phản ánh, hiện nay, DN đầu tư nước ngoài được hưởng ưu đãi đầu tư theo Giấy chứng nhận đầu tư do Ban Quản lý Khu công nghệ cao cấp, quy định tại khoản 6 Điều 12 Nghị định 87/2010/NĐ-CP của Chính phủ thì: “Hàng hóa NK để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư vào lĩnh vực được ưu đãi về thuế NK theo quy định tại Phụ lục 1 ban hành kèm theo Nghị định này hoặc địa bàn được ưu đãi về thuế NK…”.

Tuy nhiên, tại khoản 9 Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP lại quy định: “Miễn thuế lần đầu đối với hàng hoá là trang thiết bị NK theo danh mục quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định này để tạo tài sản cố định của dự án được ưu đãi về thuế NK ... Các dự án có hàng hoá NK được miễn thuế lần đầu quy định tại khoản này thì không được miễn thuế theo quy định tại các khoản khác Điều này”.

Căn cứ quy định nêu trên việc ưu đãi về thuế NK quy định tại Khoản 6 và Khoản 9 Điều 12 Nghị định 87/2010/NĐ-CP bị chồng chéo, trùng lặp và được hiểu các dự án áp dụng quy định tại Khoản 9 thì không áp dụng cho các khoản khác của Điều này của Nghị định.

Trước bất cập này, Hải quan TP.HCM đề nghị cho phép DN đầu tư nước ngoài được ưu đãi thuế NK theo quy định Khoản 6 Điều 12 Nghị định 87/2010/NĐ-CP theo Giấy chứng nhận đầu tư và Khoản 9 Điều 12 Nghị định 87/2010/NĐ-CP sau khi được Ban Quản lý Khu Công nghệ cao xác nhận NK để tạo tài sản cố định miễn thuế lần đầu.

Trả lời kiến nghị này, Tổng cục Hải quan cho biết, nếu xét về lĩnh vực ưu đãi đầu tư: Căn cứ khoản 9 Mục I phần B Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định số 87/2010/NĐ-CP thì: “Sản xuất, đầu tư, phát triển nguyên liệu thuốc và thuốc phòng chống các bệnh xã hội; vắc xin; sinh phẩm y tế; thuốc từ dược liệu; thuốc đông y; ứng dụng công nghệ tiên tiến, công nghệ sinh học để sản xuất thuốc chữa bệnh cho người đạt tiêu chuẩn GMP quốc tế; sản xuất nguyên liệu thuốc kháng sinh” thuộc  lĩnh vực được ưu đãi về thuế NK.

Nếu xét về địa bàn ưu đãi thuế NK: Theo quy định tại khoản 18 Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP thì địa bàn được ưu đãi về thuế NK quy định tại Danh mục địa bàn ưu đãi thuế Thu nhập DN ban hành kèm theo Nghị định số 124/2008/NĐ-CP (nay là Nghị định số 218/2013/NĐ-CP) và Nghị định số 53/2010/NĐ-CP quy định về địa bàn ưu đãi đầu tư, ưu đãi thuế Thu nhập DN đối với đơn vị hành chính mới thành lập do Chính phủ điều chỉnh địa giới hành chính.

Theo quy định tại khoản 6, Điều 12 Nghị định 87/2010/NĐ-CP, khoản 7 Điều 100 Thông tư 128/2013/TT-BTC thì hàng hóa NK để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư vào lĩnh vực hoặc địa bàn được ưu đãi về thuế NK được miễn thuế NK.

Tổng cục Hải quan cho biết, để giải quyết vướng mắc trường hợp Hải quan TP.HCM nêu, Tổng cục Hải quan đang hoàn thiện tờ trình xin ý kiến các đơn vị liên quan để trình Bộ Tài chính xử lý theo hướng: Trường hợp công ty xác định được hàng hóa NK thuộc hạng mục được ưu đãi về thuế (dược phẩm) thì được miễn thuế NK, trong tờ trình bộ và công văn sẽ hướng dẫn cụ thể hồ sơ, thủ tục để xác định hàng hóa được miễn thuế. Đối với số hàng hóa NK sử dụng cho hạng mục không được ưu đãi về thuế NK (mỹ phẩm và thực phẩm chức năng) thì Công ty phải nộp thuế theo quy định hiện hành của pháp luật.

Đối chiếu danh mục miễn thuế

Vướng mắc trong quá trình thực hiện Thông tư 04/2012/TT-BKHĐT, Cục Hải quan Bà Rịa – Vũng Tàu cho biết,  tại Điều 3 Thông tư  04/2012/TT-BKHĐT quy định: “Nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm trong nước đã sản xuất được quy định tại một trong các Danh mục ban hành kèm theo Thông tư này không phụ thuộc vào mục đích sử dụng, trừ hàng hóa chuyên dùng”.

Tuy nhiên, theo ý kiến của các DN và thực tế từ quá trình thực hiện quản lý Nhà nước về hải quan đối với hoạt động này nhận thấy: Các hàng hóa NK phục vụ hoạt động dầu khí phải đáp ứng yêu cầu chất lượng, kỹ thuật cao để đáp ứng điều kiện môi trường khắc nghiệt và yêu cầu chất lượng. Do vậy, việc áp dụng quy định tại Điều 3 Thông tư 04/2012/TT-BKHĐT khi làm thủ tục đối với các lô hàng NK là nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm là không phù hợp với hoạt động dầu khí.

Vì vậy, đề nghị Tổng cục Hải quan tiếp tục kiến nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư cho DN chỉ cần đối chiếu với Phụ lục quy định Danh mục vật tư cần thiết cho hoạt động đăng ký trong nước chưa sản xuất được (Phụ lục IV Thông tư 04/2012/TT-BKHĐT), mà không  phải đối chiếu với tất cả các Phụ lục của Thông tư để làm căn cứ miễn thuế như hiện nay.

Trả lời vấn đề này, Vụ Pháp chế cho biết, theo quy định tại khoản 11 Điều 100 Thông tư 128/2013/TT-BTC thì hàng hóa NK để phục vụ hoạt động dầu khí được miễn thuế NK, trong đó bao gồm vật tư cần thiết cho hoạt động dầu khí trong nước chưa sản xuất được.

Danh mục vật tư cần thiết cho hoạt động dầu khí mà trong nước chưa sản xuất được để làm căn cứ thực hiện miễn thuế nêu tại điểm này thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

Bên cạnh đó, căn cứ Điều 3 Thông tư 04/2012/TT-BKHĐT thì nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm trong nước đã sản xuất được quy định tại một trong các Danh mục ban hành kèm theo Thông tư này không phụ thuộc vào mục đích sử dụng, trừ hàng hóa chuyên dùng.

Đối chiếu với các quy định nêu trên, trường hợp vật tư NK phục vụ hoạt động dầu khí không thuộc Danh mục vật tư cần thiết cho hoạt động dầu khí trong nước đã sản xuất được (Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 04/2012/TT-BKHĐT) nhưng lại có tên tại một trong các Danh mục khác ban hành kèm theo Thông tư 04/2012/TT-BKHĐT thì không được miễn thuế NK.

Việc xây dựng Danh mục vật tư trong nước đã sản xuất dược ban hành kèm theo Thông tư 04/2012/TT-BKHĐT dựa trên cơ sở các mặt hàng do DN trong nước sản xuất được đăng ký với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, do đó trường hợp các vật tư NK phục vụ hoạt động dầu khí không đáp ứng được yêu cầu chất lượng của dự án thì đề nghị Cục Hải quan Bà Rịa – Vũng Tàu hướng dẫn DN có văn bản phản ánh với Bộ Kế hoạch và Đầu tư về vấn đế này.