Theo đó, tại  Công văn số 7599/TCHQ-TXNK Tổng cục Hải quan giải đáp các vướng mắc như sau:

Thứ nhất, về thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế tự vệ, thuế bảo vệ môi trường.

Tổng cục Hải quan cho biết, việc áp dụng thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp (về thời điểm tính thuế, thời hạn nộp thuế, miễn thuế, hoàn thuế...) được thực hiện như thuế nhập khẩu và các văn bản hướng dẫn thi hành. 

Do đó, trường hợp nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu đã được miễn thuế nhập khẩu theo Điều 16 Luật thuế XNK số 107/2016/QH13 thì được miễn các loại thuế nhập khẩu bổ sung (thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế tự vệ) như thuế nhập khẩu.

Liên quan đến chính sách thuế bảo vệ môi trường, Tổng cục Hải quan viện dẫn, căn cứ Luật thuế bảo vệ môi trường, Thông tư số 152/2011/TT-BTC ngày 11/11/2011, Thông tư số 159/2012/TT-BTC ngày 28/9/2012 của Bộ Tài chính, thì hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu không thuộc đối tượng không chịu thuế bảo vệ môi trường, không thuộc đối tượng hoàn thuế bảo vệ môi trường.

Thứ hai, về thuế với nguyên liệu chuyển tiếp từ hợp đồng gia công này sang hợp đồng gia công khác.

Theo Tổng cục Hải quan, trường hợp hết thời hạn thực hiện hợp đồng gia công, hàng nhập khẩu để gia công không tái xuất mà chuyển tiếp sang hợp đồng gia công khác phải thực hiện thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ theo quy định của pháp luật về hải quan thì được miễn thuế, theo quy định tại Luật thuế Xuất nhập khẩu số 107/2016/QH13 và Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.

Thứ ba, về chính sách thuế khi xuất khẩu nguyên phụ liệu và phế liệu dư thừa của hợp đồng gia công.

Tổng cục Hải quan lý giải, phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu, vật tư dư thừa đã nhập khẩu để gia công khi xuất trả lại bên đặt gia công hoặc bên thứ ba do bên đặt gia công chỉ định thì không phải nộp thuế xuất khẩu theo quy định tại Điều 10 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, Điều 21 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

Ngoài các nội dung giải đáp trên, Tổng cục Hải quan cho biết, thời gian quan có nhiều ý kiến của các đơn vị để tiến hành sửa đổi, bổ sung các quy định hiện hành nhằm giải quyết các vấn đề thực tiễn phát sinh chưa được hướng dẫn rõ ràng.