Năm 2013, Bộ Tài chính giao dự toán thu Ngân sách nhà nước cho Cục Hải quan Hải Phòng 41.320 tỉ đồng, số thu lớn thứ 2 trong tổng số 34 Cục Hải quan địa phương cả nước (sau Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh).

Đến nay, trong số 9 Chi cục Hải quan cửa khẩu, ngoài cửa khẩu trực thuộc Cục Hải quan Hải Phòng có 1 số đơn vị đã hoàn thành chỉ tiêu thu Ngân sách nhà nước như Chi cục Hải quan Hưng Yên, Chi cục Hải quan Thái Bình.

Tuy nhiên, số thu các đơn vị trên chỉ chiếm tỉ lệ nhỏ trong tổng thu của toàn Cục, nên tác động không đáng kể đến kết quả chung của Cục Hải quan Hải Phòng. Ví dụ, chỉ tiêu năm 2013 của Chi cục Hải quan Hưng Yên là 1.005 tỉ đồng, tương đương 2,4% chỉ tiêu toàn Cục (1.005 tỉ đồng/41.320 tỉ đồng); chỉ tiêu Chi cục Hải quan Thái Bình là 245 tỉ đồng, tương đương 0,59% (245 tỉ đồng/41.320 tỉ đồng).

Hiện nay, số thu Ngân sách nhà nước ở Hải quan Hải Phòng vẫn phụ thuộc lớn vào 4 Chi cục Hải quan cửa khẩu là: Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Hải Phòng khu vực I; Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Hải Phòng khu vực II; Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Hải Phòng khu vực III; Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Đình Vũ. Tổng chỉ tiêu thu của 4 đơn vị này chiếm gần 76% chỉ tiêu thu của Cục Hải quan Hải Phòng.