Cụ thể, Tổng cục Hải quan đã giao chỉ tiêu cho đơn vị trong năm phải đạt được 100% chi cục triển khai thủ tục hải quan điện tử (TTHQĐT) với 80% tờ khai, 80% kim ngạch và 65% doanh nghiệp thực hiện hình thức khai hải quan hiện đại này. Tính đến ngày 15/11/2012, tất cả các chi cục thuộc Cục Hải quan Quảng Ninh đều đã thực hiện TTHQĐT với tỉ lệ tờ khai chiếm 96,43%; kim ngạch đạt 97,4% và số doanh nghiệp tham gia TTHQĐT chiếm 87,34%.

Cục cũng đã  triển khai thực hiện thí điểm chữ ký số trong TTHQĐT và đăng ký cho 54 doanh nghiệp thông quan điện tử bằng chữ ký số. Đến nay, đã có 223 bộ tờ khai của 21 doanh nghiệp thực hiện TTHQĐT bằng chữ ký số. Để cộng đồng doanh nghiệp nhận thức rõ hơn về lợi ích của chữ ký số trong thông quan điện tử, Cục Hải quan Quảng Ninh đã phối hợp với Trung tâm chứng thực chữ ký số công cộng tuyên truyền sâu rộng tới cộng đồng doanh nghiệp về chương trình thí điểm mới này của hải quan.

Để tăng cường công tác hiện đại hóa tại đơn vị, Cục Hải quan Quảng Ninh đã tích cực đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động.

Cục đã phối hợp với công ty tại địa phương khảo sát thực tế phần mềm quản lý container, đánh giá hiệu quả khai thác sử dụng, khả năng tích hợp của phần mềm này với những phần mềm ứng dụng kiểm tra giám sát Hải quan và đã xây dựng đề án quản lý, giám sát hải quan với hàng hóa xuất nhập khẩu qua cảng container quốc tế Cái Lân áp dụng công nghệ thông tin báo cáo Tổng cục.

Hiện nay, tại Cục Hải quan Quảng Ninh đang duy trì áp dụng trên 20 phần mềm quản lý nghiệp vụ. Những phần mềm này được rà soát và liên tục nâng cấp, kịp thời xử lý các lỗi phát sinh…

Trong năm 2013, Cục Hải quan Quảng Ninh sẽ triển khai mở rộng TTHQĐT theo Nghị định số 87/2012/NĐ-CP ngày 23/10/2012 của Chính phủ, chuẩn bị các điều kiện cho việc triển khai thực hiện dự án hệ thống thông quan tự động VNACCS/VCIS. Chương trình thí điểm chữ ký số cũng là một nội dung được đẩy mạnh thực hiện. Bên cạnh đó, Cũng cũng tiếp tục thực hiện thí điểm tiếp nhận bản khai hải quan và thông quan điện tử với tàu biểu nhập cảnh, xuất cảnh; hiện đại hóa công tác quản lý thuế, tổ chức hiệu quả đề án phối hợp thu, nộp ngân sách nhà nước và bảo lãnh thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu bằng phương thức điện tử giữa Hải quan với Ngân hàng thương mại; triển khai các thủ tục xây dựng, sửa chữa trụ sở làm việc, đầu tư cơ sở vật chất, mua sắm thiết bị đảm bảo đáp ứng yêu cầu cải cách, hiện đại hóa.