Theo ông Đặng Văn Chuyên, Phó Chi cục trưởng Chi cục KTSTQ (Cục Hải quan Thừa Thiên-Huế), để công tác KTSTQ đạt hiệu quả cao, đơn vị thường xuyên nghiên cứu, thu thập thông tin, xây dựng và triển khai kế hoạch sát với tình hình thực tế tại đơn vị và phương án triển khai. Theo đó, cử cán bộ công chức tiến hành công tác phúc tập, công tác kiểm tra phúc tập tại các Chi cục Hải quan cửa khẩu nhằm phát hiện kịp thời các sai phạm để khắc phục, xử lý.

Tính đến cuối tháng 10-2013, Chi cục đã hoàn thành KTSTQ đối với 7 doanh nghiệp, đạt 63,5% kế hoạch. Trong đó, đơn vị kiểm tra tại trụ sở cơ quan Hải quan đối với 6 doanh nghiệp và tại trụ sở 1 doanh nghiệp. Số doanh nghiệp này chủ yếu kinh doanh ở các loại hình xuất nhập khẩu như sản xuất xuất khẩu, gia công và nhập khẩu hàng hóa tạo tài sản cố định, vi phạm chính sách về điều kiện miễn thuế, vi phạm định mức.

Điển hình là trường hợp của Công ty B.H (có địa chỉ tại tỉnh Thừa Thiên-Huế). Qua kiểm tra các tờ khai nhập khẩu thuộc loại hình kinh doanh của Công ty B.H (từ ngày 1-6 đến 31-1-2011) làm thủ tục tại Chi cục Hải quan Thủy An, lực lượng KTSTQ phát hiện Công ty trên có phát sinh khoản phí bốc hàng, dỡ hàng, chuyển hàng (phí THC) tại cảng nhập. Tuy nhiên, công ty đã khai báo trị giá tính thuế hàng hóa nhập khẩu không bao gồm khoản phí THC vào trị giá tính thuế.

Tại buổi làm việc với Chi cục KTSTQ, Công ty B.H  thừa nhận có phát sinh khoản phí THC đối với các lô hàng nhập khẩu. Hơn nữa, khi làm thủ tục hải quan tại Chi cục Hải quan quan Thủy An, công ty chưa khai báo (cộng) khoản phí đã thanh toán trên vào trị giá tính thuế hàng hóa NK theo quy định. Ngoài ra, Công ty cũng không xuất trình đầy đủ chứng từ, hóa đơn thu phí vì lý do hóa đơn các chứng từ của các lô hàng này bị thất lạc.

Căn cứ vào kết luận KTSTQ, Cục Hải quan Thừa Thiên-Huế đã ra quyết định ấn định thuế và xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty B.H, truy thu 648 triệu đồng. Trong số này, thuế Nhập khẩu 264,2 triệu đồng; thuế GTGT là 284 triệu đồng và phạt tiền 64 triệu đồng.