Cụ thể, đối với thủ tục hải quan thủ công, Bộ Tài chính cho biết, theo quy định tại điểm b.4 khoản 6 Điều 45 Thông tư số 128/2013/TT-BTC, doanh nghiệp (DN) xuất khẩu có trách nhiệm nhận lại 1 tờ khai hải quan do DN nhập khẩu chuyển đến; tờ khai hải quan phải có xác nhận, ký tên, đóng dấu đầy đủ của 4 bên: DN nhập khẩu, DN xuất khẩu, hải quan làm thủ tục nhập khẩu và hải quan làm thủ tục xuất khẩu.

Theo đó, DN xuất khẩu đã có bản chính tờ khai hải quan xuất khẩu-nhập khẩu tại chỗ để nộp trong hồ sơ hoàn thuế nhập khẩu quy định tại điểm c, khoản 7 Điều 117 Thông tư 128/2013/TT-BTC.

Còn đối với thủ tục hải quan điện tử, theo quy định tại Thông tư số 22/2014/TT-BTC, DN thực hiện khai báo thông tin trên 2 tờ khai riêng biệt: Tờ khai hải quan điện tử hàng xuất khẩu và tờ khai hải quan điện tử hàng nhập khẩu trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Không có tờ khai hải quan xuất khẩu-nhập khẩu tại chỗ chung (tích hợp), bản chính như quy định tại Thông tư 128/2013/TT-BTC.

Vì vậy, DN xuất khẩu nêu rõ số tờ khai hải quan điện tử hàng xuất khẩu và tờ khai hải quan điện tử hàng nhập khẩu trong công văn yêu cầu hoàn thuế.

Cơ quan hải quan căn cứ vào số tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu đã kê khai để tra cứu, kết xuất và kiểm tra thông tin tờ khai trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để hoàn thuế nhập khẩu cho DN theo quy định.