Thông tư quy định đối tượng áp dụng là các tổ chức, cá nhân yêu cầu chứng thực hợp đồng, giao dịch tại Uỷ ban nhân dân cấp huyện, Uỷ ban nhân dân cấp xã (ở các địa phương được phép thực hiện chứng thực hợp đồng, giao dịch theo quy định của pháp luật) phải nộp lệ phí theo quy định tại Thông tư này. Cơ quan thực hiện chứng thực hợp đồng, giao dịch là cơ quan thu lệ phí.

Theo đó, mức thu lệ phí chứng thực hợp đồng, giao dịch liên quan đến bất động sản được xác định theo giá trị tài sản hoặc giá trị hợp đồng, giao dịch.

Cụ thể: Chứng thực hợp đồng chuyển nhượng, tặng cho quyền sử dụng đất, góp vốn bằng quyền sử dụng đất (tính trên giá trị quyền sử dụng đất); Chứng thực hợp đồng chuyển nhượng, tặng cho quyền sử dụng đất có tài sản gắn liền với đất, góp vốn bằng quyền sử dụng đất có tài sản gắn liền với đất (tính trên tổng giá trị quyền sử dụng đất và giá trị tài sản gắn liền với đất); Chứng thực văn bản thoả thuận phân chia di sản, văn bản khai nhận di sản (tính trên giá trị di sản); Chứng thực hợp đồng thế chấp tài sản (tính trên giá trị tài sản; trường hợp trong hợp đồng thế chấp tài sản có ghi giá trị khoản vay thấp hơn giá trị tài sản thế chấp thì tính trên giá trị khoản vay). 

Mức thu lệ phí chứng thực đối với các hợp đồng, giao dịch trên được tính như sau: Giá trị tài sản hoặc giá trị hợp đồng giao dịch dưới 50 triệu đồng, mức thu là 50.000 đồng/trường hợp; Từ 50 triệu đồng đến 100 triệu đồng, mức thu là 100.000 đồng/trường hợp; Từ trên 100 triệu đồng đến 500 triệu đồng, mức thu là 300.000 đồng/trường hợp; Từ trên 500 triệu đồng đến 1 tỷ đồng, mức thu là 500.000 đồng/trường hợp; Từ trên 1 tỷ đồng đến 2 tỷ đồng, mức thu là 1 triệu đồng/trường hợp; Từ trên 2 tỷ đồng đến 3 tỷ đồng, mức thu là 1,2 triệu đồng/trường hợp... Trên 10 tỷ đồng, mức thu là 3 triệu đồng/trường hợp.

Ngoài ra, với các hợp đồng, giao dịch về quyền sử dụng đất, tài sản có giá thoả thuận cao hơn mức giá quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì giá trị quyền sử dụng đất, giá trị tài sản tính lệ phí chứng thực được xác định theo thoả thuận của các bên trong hợp đồng, giao dịch đó; trường hợp giá đất, giá tài sản do các bên thoả thuận thấp hơn mức giá do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định áp dụng tại thời điểm chứng thực thì giá trị tính lệ phí chứng thực được tính như sau: Giá trị quyền sử dụng đất, giá trị tài sản tính lệ phí = Diện tích đất, số lượng tài sản ghi trong hợp đồng, giao dịch (x) Giá đất, giá tài sản do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định.

Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2013. Bãi bỏ quy định về chế độ thu, nộp và quản lý sử dụng lệ phí chứng thực hợp đồng, giao dịch tại TTLT số 93/2001/TTLT-BTC-BTP ngày 21/11/2001 của liên Bộ Tài chính - Tư pháp hướng dẫn chế độ thu, nộp và quản lý sử dụng phí, lệ phí công chứng, chứng thực.