Bộ Tài chính cho biết, DN nhập khẩu bị ấn định thuế nhập khẩu theo quy định tại Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 6/12/2010 của Bộ Tài chính. Số thuế ấn định được hạch toán vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập DN theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập DN.

Ngoài ra, đối với những DN bị ấn định thuế Giá trị gia tăng tại khâu nhập khẩu đối với số lượng nguyên phụ liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu chênh lệch giữa tồn kho theo kiểm kê thực tế với hồ sơ khai báo cơ quan hải quan.

Số thuế Giá trị gia tăng DN đã nộp được kê khai, khấu trừ nếu đáp ứng quy định về khấu trừ thuế Giá trị gia tăng tại điểm 1.3 Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 và tại Điều 15 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính.

Đối với những DN nhập khẩu có vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế sẽ không được phản ánh số tiền phạt vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập DN theo Điểm 2.29 Khoản 2 Thông tư số 123/2012/TT-BTC.

Bộ Tài chính cũng lưu ý đối với trường hợp DN có khiếu nại về quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế trong lĩnh vực hải quan, đề nghị DN liên hệ với cơ quan ra quyết định xử phạt theo quy định của pháp luật về khiếu nại tố cáo và quản lý thuế.