Dự thảo này quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức và nguyên tắc phối hợp giữa các lực lượng của Trạm kiểm soát cửa khẩu quốc tế, cửa khẩu chính và cửa khẩu phụ biên giới đất liền và quản lý nhà nước đối với Trạm kiểm soát cửa khẩu nhằm kiểm tra và giám sát các hoạt động xuất - nhập của người, phương tiện và các loại hàng hoá, vật phẩm qua các cửa khẩu biên giới đất liền của nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam.

Theo đó, trạm kiểm soát cửa khẩu là cơ quan quản lý nhà nước trực thuộc UBND tỉnh có cửa khẩu biên giới, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với hoạt động xuất - nhập của người, phương tiện và hàng hoá qua cửa khẩu biên giới đất liền; quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động xuất - nhập của người, phương tiện và hàng hoá qua cửa khẩu biên giới đất liền.

Người, phương tiện, hàng hoá, vật phẩm khi xuất - nhập qua cửa khẩu biên giới đất liền phải có đầy đủ giấy tờ hợp pháp theo quy định của pháp luật, chịu sự kiểm tra, kiểm soát của các lực lượng quản lý nhà nước chuyên ngành tại Trạm kiểm soát cửa khẩu.

Bên cạnh đó, dự thảo yêu cầu, hoạt động của Trạm kiểm soát cửa khẩu phải đáp ứng yêu cầu phục vụ hoạt động đối ngoại và hội nhập kinh tế của đất nước; cũng như đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - thương mại, sự lưu chuyển của người, phương tiện, hàng hoá, vật phẩm qua lại cửa khẩu biên giới...

Về trình tự kiểm soát tại Trạm kiểm soát cửa khẩu được bố trí như sau:

- Cửa xuất: Hải quan - Kiểm dịch (y tế, động vật, thực vật) - Biên phòng.

- Cửa nhập: Biên phòng - Kiểm dịch (y tế, động vật, thực vật) - Hải quan.

Để thuận lợi về thủ tục cho cá nhân, doanh nghiệp, dự thảo quy định: Cán bộ có thẩm quyền tại các Trạm kiểm soát phải hợp tác kiểm tra trong cùng một thời điểm, theo chuyên ngành và nhanh chóng theo số lượng công việc tại cùng địa điểm.

Nghiêm cấm không được khám xét hàng hoá hai lần trong thời gian quá cảnh qua cửa khẩu, trong trường hợp lực lượng nào không tham gia kiểm tra theo quy định của Trưởng cửa khẩu sẽ coi như đã kiểm tra xong và phải chịu hoàn toàn trách nhiệm

Đồng thời, dự thảo quy định, cán bộ có thẩm quyền tại các Trạm kiểm soát có mặt thực hiện công việc của mình trong Trạm để giải quyết thủ tục cho hành khách và chủ hàng nhanh chóng.