Sau 1 năm triển khai chính thức thủ tục hải quan điện tử (TTHQĐT) theo Nghị định 87/NĐ-CP của Chính phủ từ 01/01/2013, cả nước đã có 34/34 Cục Hải quan tỉnh, thành phố với 125 chi cục thực hiện TTHQĐT và được áp dụng cho hầu hết các loại hình xuất nhập khẩu (XNK), trong đó có 17 Cục Hải quan áp dụng tại 100% chi cục hải quan. Tổng kim ngạch XNK thực hiện qua TTHQĐT trong năm 2013 hơn 239 tỉ USD, chiếm khoảng 95% tổng kim ngạch XNK cả nước, có hơn 49.000 doanh nghiệp tham gia TTHQĐT, chiếm gần 96% số lượng doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan trên toàn quốc. 

Ông Trần Văn Danh, Cục trưởng Cục Hải quan Bà Rịa - Vũng Tàu cho biết: Trên địa bàn tỉnh hiện có 5/5 chi cục hải quan cửa khẩu thực hiện TTHQĐT, số doanh nghiệp có hoạt động XNK qua các cửa khẩu trên địa bàn tham gia thực hiện TTHQĐT đạt 95,32%, số tờ khai HQĐT đạt 99,55%, tỷ lệ tờ khai áp dụng chữ ký số chiếm 81,66%. Việc thực hiện TTHQĐT cơ bản đáp ứng yêu cầu quản lý Nhà nước về hải quan, tạo thuận lợi cho hoạt động XNK, đóng góp một phần quan trọng trong cải cách thủ tục hành chính, thúc đẩy môi trường đầu tư.

Tuy nhiên, theo đánh giá của Bộ Tài chính, qua công tác rà soát, đánh giá  quy trình TTHQĐT cho thấy một số tồn tại, hạn chế có ảnh hưởng đến công tác quản lý Nhà nước về hải quan đối với hàng hóa XNK. Nhằm hạn chế những bất cập này, Bộ Tài chính vừa có Công văn số 1767/BTC-TCHQ chỉ đạo Cục Hải quan các tỉnh, thành phố tăng cường quản lý chống vi phạm lợi dụng TTHQĐT. Theo đó, người khai hải quan khai và nộp tờ khai hải quan đối với hàng hóa XK sau khi tập kết hàng hóa XK tại các địa điểm theo quy định và thông báo cho cơ quan hải quan về thời gian dự kiến đóng container, xếp hàng lên phương tiện vận tải. Địa điểm tập kết hàng hóa gồm: khu vực cửa khẩu, cảng biển, cảng hàng không quốc tế; ICD, kho ngoại quan, kho CFS; địa điểm kiểm tra hàng hóa tập trung, địa điểm kiểm tra hàng hóa XK tại biên giới; kho, bãi tập kết hàng hóa XK của doanh nghiệp được cơ quan hải quan công nhận đủ điều kiện giám sát hải quan (phải có tường rào ngăn cách, có cổng, cửa để khóa, niêm phong và có camera theo dõi).

Đối với hàng hóa XK thuộc đối tượng miễn kiểm tra hàng hóa thực tế, khi chuyển cửa khẩu phải được tập kết tại các khu vực thuộc địa bàn hoạt động hải quan để chi cục hải quan ngoài cửa khẩu đối chiếu số hiệu container, số phuơng tiện vận tải và tình trạng bên ngoài của phương tiện chứa hàng để lập biên bản bàn giao. Đối với hàng hóa XK tập kết tại kho, bãi của doanh nghiệp thì doanh nghiệp tự chịu trách nhiệm đưa hàng hóa đến cửa khẩu để xuất trình cho chi cục hải quan cửa khẩu thực hiện giám sát cho đến khi XK hết hàng hóa.

Theo ông Trần Văn Danh, việc tăng cường quản lý chống vi phạm lợi dụng TTHQĐT là chỉ đạo rất kịp thời của Bộ Tài chính, qua đó chủ động phòng chống buôn lậu và gian lận thương mại trong bối cảnh hoạt động XNK ngày càng phát triển. Mặt khác, chỉ đạo này của Bộ Tài chính cũng phù hợp với lộ trình triển khai dự án VNACCS/VCIS - một hệ thống thông quan hàng hóa tự động mới của Hải quan Việt Nam, đã được vận hành chạy thử nghiệm từ ngày 15/11/2013 kéo dài đến tháng 3/2014, sau đó chính thức áp dụng theo đúng lộ trình. Việc triển khai VNACCS/VCIS sẽ làm thay đổi căn bản phương thức quản lý của Hải quan Việt Nam, nâng tính tự động hóa ở cấp độ cao, cho phép nâng cao hiệu quả quản lý của cơ quan hải quan, đồng thời tạo thuận lợi nhiều hơn nữa cho doanh nghiệp thực hiện khai báo XNK hàng hóa bằng TTHQĐT.