Hội nghị có sự tham gia chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng và Thứ trưởng Bộ Tài chính Đỗ Hoàng Anh Tuấn. Hội nghị còn có khách mời là đại diện lãnh đạo các Vụ, Cục thuộc Bộ Tài chính. Về phía ngành Hải quan, Tổng cục trưởng Nguyễn Ngọc Túc chủ trì hội nghị, với sự tham gia của các lãnh đạo Tổng cục, lãnh đạo và cán bộ các Vụ, Cục thuộc Tổng cục và lãnh đạo Cục Hải quan các tỉnh, thành phố.
Tại hội nghị, Phó Tổng cục trưởng Nguyễn Dương Thái đã báo cáo tình hình hoạt động 6 tháng đầu năm và chương trình công tác 6 tháng cuối năm 2013 của toàn Ngành.
Theo báo cáo, năm 2013, Quốc hội giao dự toán thu NSNN cho ngành Hải quan là 237.500 tỷ đồng (tăng 20% so với năm 2012), trong đó: thuế xuất nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt và bảo vệ môi trường là 81.022 tỷ đồng và thuế giá trị gia tăng là 156.478 tỷ đồng. Tính đến ngày 30/6/2013, số thu toàn ngành Hải quan đạt 94.693 tỷ đồng bằng 39,9% dự toán, tăng 4,1% (94.693/90.994) so với cùng kỳ năm 2012 (bình quân mỗi tháng thu đạt 15.782 tỷ đồng hụt 4.010 tỷ đồng/tháng so với dự toán; tổng 6 tháng đầu năm hụt thu 24.057 tỷ đồng).
Báo cáo cũng đánh giá những nguyên nhân dẫn tới việc thu ngân sách giảm. Một trong những nguyên nhân đó là việc xây dựng dự toán chưa phù hợp với điều kiện, hoàn cảnh và tình hình thực tế của nền kinh tế. Dự toán năm 2013 được xây dựng trên cơ sở: ước thu NSNN năm 2012 là 216.000 tỷ đồng, tốc độ tăng trưởng kinh tế năm 2013 dự kiến ở mức 5,5%; kim ngạch XNK ước đạt 258,5 tỷ USD (trong đó NK là 134,2 tỷ USD), chỉ số giá tiêu dùng (CPI) từ 7-8%... Tuy nhiên, thực tế số thu NSNN năm 2012 chỉ đạt 197.845 tỷ đồng (hụt so với dự kiến 18.155 tỷ đồng); tốc độ tăng GDP cả năm 2012 chỉ đạt 5,03% (thấp nhất trong vòng 13 năm qua); chỉ số giá tiêu dùng (CPI) tăng 6,81% (thấp hơn nhiều so với các năm trước đây)... Bên cạnh đó, những biến động và thách thức của kinh tế toàn cầu đã và đang tác động tiêu cực đến kinh tế Việt Nam. Điều đó được thể hiện trên một số phương diện: nhu cầu nước ngoài giảm (đặc biệt là khu vực đồng Euro, Mỹ) ảnh hưởng tiêu cực đến hoạt động xuất khẩu, các dòng vốn FDI, ODA vào Việt Nam; thương mại toàn cầu tăng trưởng chậm; số doanh nghiệp giải thể, ngừng hoạt động ngày càng tăng cao; kim ngạch XNK có thuế của một số mặt hàng trọng điểm giảm... đây cũng là nguyên nhân chính khiến số thu NSNN của ngành Hải quan suy giảm.
Bên cạnh những khó khăn trong công tác thu NSNN do những nguyên nhân nêu trên, ngành Hải quan đã tập trung đẩy mạnh những mặt hoạt động khác. Trong lĩnh vực kiểm tra sau thông quan (KTSTQ), 6 tháng đầu năm (tính đến 30/6/2013), toàn Ngành ra quyết định ấn định và truy thu thuế đạt 986,61 tỷ đồng. Đã thu nộp ngân sách 726,22 tỷ đồng, đạt 63% chỉ tiêu được giao. Tỷ lệ phát hiện vi phạm trên tổng số cuộc KTSTQ cao (44%), cao hơn cùng kỳ 2012 (30,8%) và cao hơn mức trung bình năm 2012 (33,47%). Công tác KTSTQ tại các địa phương cũng được chú trọng và triển khai có hiệu quả. Hầu hết các Cục Hải quan tỉnh, thành phố đều đã có số thu từ công tác này, trong đó phải kể đến một số đơn vị có số thu cao như: Hà Nội , TP Hồ Chí Minh, Hải Phòng, Đồng Tháp, Quảng Ninh, Đồng Nai... Đặc biệt một số đơn vị có tỷ lệ hoàn thành chỉ tiêu khá cao như: Thanh Hóa (106,41%), Cà Mau, Huế (trên 75%), Nghệ An, Vũng Tàu, Tây Ninh (52-62%)...
Năng lực phân tích phân loại hàng hoá (PTPL) XNK cũng được nâng cao. Kết quả PTPL làm thay đổi 50,67% mã số khai báo của chủ hàng, trong đó: số mẫu tăng thuế suất là 15,4%, số mẫu giảm thuế 9,67%, số mẫu thay đổi mã số hàng hóa nhưng thuế suất không đổi là 25,6 %. Kết quả PTPL là cơ sở vững chắc cho việc thu đúng, thu đủ; góp phần chống gian lận thương mại, chống thất thu thuế; tạo môi trường kinh doanh lành mạnh, bình đẳng.
Trong 6 tháng đầu năm 2013, các đơn vị trong Ngành cũng đã tổ chức thực hiện hiệu quả công tác chống buôn lậu, từ khâu xây dựng kế hoạch, triển khai chỉ đạo của lãnh đạo các cấp đễn nắm diễn biến tình hình tại địa bàn một cách vững vàng, chủ động đấu tranh, phát hiện, bắt giữ hiệu quả. Tính đến 30/6/2013, toàn Ngành đã phát hiện, bắt giữ được 11.116 vụ việc vi phạm (Cục Điều tra chống buôn lậu chủ trì bắt giữ, xử lý 28 vụ), trị giá hàng hoá vi phạm ước tính trên 147 tỷ 183 triệu đồng. Số đã xử lý, thu nộp ngân sách: 75 tỷ 135 triệu đồng. Xử lý hình sự 46 vụ (cơ quan Hải quan ra quyết định khởi tố 10 vụ, chuyển cơ quan khác khởi tố 36 vụ).
Tại hội nghị, các đại biểu còn lắng nghe báo cáo đánh giá về tình hình thu ngân sách nhà nước 6 tháng đầu năm của Cục Thuế XNK và tình hình triển khai dự án VNACCS/VCIS của Ban Quản lý dự án.
Ngay sau đó, đại diện các đơn vị tham gia hội nghị đã nêu ý kiến tham luận. Các ý kiến của các đơn vị tập trung vào việc thu ngân sách, cải cách hiện đại hóa và xây dựng lực lượng. Một số Cục Hải quan tỉnh, thành phố cũng có những kiến nghị về một số mặt công tác trên địa bàn của mình. Đại diện Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh cho rằng ngoài việc tạo điều kiện cho các doanh nghiệp ưu tiên thì cũng cần phải xây dựng danh mục những doanh nghiệp có rủi ro cao; hạ tầng mạng cần phải được củng cố cũng như có những phương án dự phòng trong trường hợp gặp sự cố khi triển khai hệ thống thông quan điện tử. Ngoài ra còn một số kiến nghị như: vướng mắc trong việc xử lý hàng xuất nhập khẩu quá hạn của Cục Hải quan Hải Phòng, chống gian lận về giá hàng hóa của Cục Hải quan Đà Nẵng, kiến nghị về biện pháp xử lý trước hiện tượng lợi dụng chính sách hoàn thuế tại khu bán hàng miễn thuế của Cục Hải quan An Giang...

Phát biểu chỉ đạo hội nghị, Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng cho rằng: Hải quan và Thuế nội địa là 2 đơn vị nòng cốt trong việc thực hiện thu ngân sách cho Nhà nước. Nhìn chung, ngành Hải quan đã hoàn thành khá tốt nhiệm vụ và Bộ trưởng biểu dương những thành tích mà toàn Ngành đã đạt được trong 6 tháng đầu năm. Tuy nhiên, Bộ trưởng cũng chỉ ra, tuy thu ngân sách của ngành Hải quan có tăng so với cùng kỳ nhưng còn thấp so với dự toán, vì vậy Bộ trưởng yêu cầu trong 6 tháng cuối năm, Ngành tiếp tục quán triệt, triển khai chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ trong phiên họp sơ kết 6 tháng đầu năm của Bộ Tài chính. Bộ trưởng nhấn mạnh nhiệm vụ trọng tâm số một là thu ngân sách, ngoài ra cần phải tập trung nguồn lực cho công tác chống buôn lậu, chống gian lận thuế và thu hồi nợ đọng. Bộ trưởng cũng yêu cầu toàn Ngành tập trung củng cố nội bộ, phối hợp chặt chẽ hơn nữa trong công tác của các đơn vị trong và ngoài ngành.
Tổng cục trưởng Nguyễn Ngọc Túc tiếp thu những ý kiến chỉ đạo của Bộ trưởng, đồng thời yêu cầu các đơn vị trong ngành tập trung thực hiện tốt 3 nhiệm vụ trọng tâm: thu ngân sách, cải cách hiện đại hóa và xây dựng lực lượng. Đồng chí cũng biểu dương những nhiệm vụ ngành Hải quan đã đạt được trong thời gian qua, gắn liền với các đơn vị tiêu biểu như: xây dựng Luật Hải quan sửa đổi (Vụ Pháp chế), triển khai thủ tục hải quan điện tử (Ban Cải cách hiện đại hóa hải quan), triển khai dự án VNACCS/VCIS (Ban Triển khai dự án), thực hiện cơ chế một cửa quốc gia (Ban Cải cách hiện đại hóa hải quan), công tác thu ngân sách (Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh), xây dựng hệ thống công nghệ thông tin (Cục CNTT và Thống kê hải quan).
Ghi nhận những thành tích đạt được trong 6 tháng đầu năm, hội nghị đã công bố quyết định khen thưởng cho các đơn vị và cá nhân đã đạt thành tích xuất sắc gồm 25 tập thể và 297 cá nhân. Tại hội nghị, Bộ trưởng Đinh Tiến Dũng đã trao cờ thi đua của Bộ Tài chính cho 7 tập thể có thành tích xuất sắc gồm: Trung tâm Phân tích phân loại hàng hóa XNK, Vụ Tài vụ quản trị, Vụ Pháp chế, Báo Hải quan, Cục Thuế XNK, Cục Hải quan tỉnh Long An và Cục Hải quan tỉnh Cao Bằng.