Đối tượng chịu phí, lệ phí là các phương tiện thủy ra, vào hoạt động tại các cảng, bến thủy nội địa (kể cả cảng, bến chuyên dùng) đã được cơ quan nhà nước công bố cấp phép hoạt động phải chịu phí, lệ phí áp dụng tại Cảng vụ đường thủy nội địa.

Đối tượng không phải nộp phí, lệ phí áp dụng tại Cảng vụ đường thủy nội địa gồm: Các phương tiện sử dụng vào mục đích quốc phòng, an ninh thuộc Bộ Quốc phòng và Bộ Công an; phương tiện của cơ quan Hải quan đang làm nhiệm vụ; phương tiện của các cơ quan thanh tra giao thông, Cảng vụ đường thủy nội địa; phương tiện tránh bão, cấp cứu; phương tiện vận chuyển hàng hóa có trọng tải toàn phần dưới 10 tấn hoặc chở khách dưới 13 ghế; phương tiện vận chuyển phòng chống lụt bão. 

Về mức thu, Bộ Tài chính quy định phí trọng tải kể cả có tải, không tải là 165 đồng/tấn trọng tải toàn phần/lượt (ra/vào).

Về lệ phí ra, vào cảng, bến thủy nội địa của các phương tiện, Thông tư này bổ sung thêm 2 mức thu so với quy định cũ là mức 40.000 đồng/chuyến đối với phương tiện chở hàng, đoàn lai có trọng tải toàn phần từ 1.001 tấn đến 1.500 tấn; 50.000 đồng/chuyến đối với phương tiện chở hàng, đoàn lai có trọng tải toàn phần từ 1.501 tấn trở lên.

Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 10-12-2012. Bãi bỏ Thông tư số 101/2008/TT-BTC và Thông tư số 55/2009/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Thông tư số 101/2008/TT-BTC của Bộ Tài chính ban hành hướng dẫn chế độ thu, nộp và quản lý sử dụng phí, lệ phí áp dụng tại Cảng vụ đường thuỷ nội địa.