Theo quy định, phí giám định tư pháp trong lĩnh vực kỹ thuật hình sự là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước, được quản lý và sử dụng như sau: Cơ quan thu phí được trích 80% trên số tiền phí thu được trước khi nộp vào ngân sách nhà nước để trang trải cho các nội dung chi quy định tại Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25/5/2006 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí. Số tiền còn lại (20%) nộp vào ngân sách nhà nước theo Chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.

Người nộp phí giám định tư pháp bao gồm: (i) Cơ quan, tổ chức và cá nhân khi nộp hồ sơ trưng cầu, yêu cầu giám định tư pháp trong lĩnh vực kỹ thuật hình sự thì phải nộp phí giám định tư pháp trong lĩnh vực kỹ thuật hình sự; (ii) Cơ quan tiến hành tố tụng, người tiến hành tố tụng thuộc ngành công an nhân dân và Quốc phòng khi trưng cầu giám định tại cơ quan giám định cùng ngành thì không thuộc đối tượng điều chỉnh của Thông tư này.