Phần lớn các loại phí, lệ phí dự kiến đưa ra khỏi Danh mục là để chuyển sang thu theo cơ chế giá.

Theo Bộ Tài chính, hiện có 5 Luật chuyên ngành (Luật Đấu thầu; Luật Khám bệnh, chữa bệnh; Luật Giám định tư pháp; Luật Các tổ chức tín dụng) quy định chuyển từ thu phí sang thu theo cơ chế giá đối với một số dịch vụ. Do đó, Bộ Tài chính trình Chính phủ chuyển 6 loại phí sang thực hiện theo cơ chế giá dịch vụ, bao gồm: Phí giám định tư pháp; Phí đấu thầu; Viện phí; Phí kiểm định phương tiện đo lường; Phí kiểm nghiệm chất lượng sản phẩm, hàng hóa, thiết bị, vật tư, nguyên vật liệu; Phí bảo lãnh, thanh toán khi được cơ quan, tổ chức cấp dịch vụ bảo lãnh, thanh toán.

Ngoài ra, căn cứ vào Luật Chất lượng sản phẩm, hàng hóa, chứng nhận hợp chuẩn, hợp quy là hoạt động liên quan đến kiểm nghiệm, kiểm định chất lượng hàng hóa, do đó các loại phí kiểm định, kiểm nghiệm chất lượng hàng hóa cũng cần chuyển sang cơ chế giá dịch vụ cho phù hợp. Do vậy, Bộ Tài chính cũng đề nghị bỏ ra khỏi Danh mục hiện hành các loại phí: Phí kiểm định phương tiện vận tải, phương tiện đánh bắt thủy sản; Phí kiểm định kỹ thuật máy móc, thiết bị, vật tư và các chất có yêu cầu nghiêm ngặt về an toàn; Phí kiểm nghiệm trang thiết bị y tế.

Đối với học phí, phí dự thi dự tuyển, Bộ Tài chính cũng trình Chính phủ loại ra khỏi Danh mục phí để thực hiện thu theo cơ chế giá. Theo cơ quan này, việc chuyển đổi sẽ không gây ảnh hưởng đến đối tượng đi học so với việc nộp học phí và phí dự thi dự tuyển như hiện nay vì "dịch vụ giáo dục, đào tạo tại cơ sở giáo dục, đào tạo của Nhà nước" vẫn do Nhà nước định giá theo quy định tại điểm c khoản 3 Điều 19 Luật Giá.

Khi tham gia vào quá trình xây dựng nội dung này, Bộ Giao thông vận tải và 25 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương đã gửi kiến nghị tới Bộ Tài chính đề nghị chuyển một số loại phí thành giá dịch vụ để khuyến khích thu hút đầu tư, nhằm thực hiện chủ trương xã hội hóa. Cụ thể là: Phí trông giữ xe; phí vệ sinh, phí qua đò, phí chợ, phí sử dụng đường bộ thu qua trạm BOT. Về vấn đề này, Bộ Tài chính cho biết, tại thời điểm ban hành Pháp lệnh, các khoản thu này đưa vào Danh mục phí là phù hợp. Đến nay, có nhiều đơn vị sự nghiệp công lập chuyển đổi sang tự chủ tài chính và sự ra đời của các DN tư nhân cùng đầu tư vào các lĩnh vực này (xây dựng bãi trông giữ xe, đấu thầu kinh doanh vệ sinh môi trường, xây dựng chợ, bến bãi...). Nếu tiếp tục để các loại phí này trong Danh mục sẽ hạn chế thu hút đầu tư, cũng như ảnh hưởng đến thực hiện tự chủ tài chính của các tổ chức, cá nhân. Vì vậy, Bộ Tài chính báo cáo Chính phủ cho đưa phí trông giữ xe (tại bãi giữ xe do tư nhân đầu tư); phí vệ sinh, phí qua đò, phí chợ ra khỏi Danh mục với điều kiện "do Nhà nước đầu tư thì thu phí và vẫn giữ tên trong Danh mục phí. Trường hợp không do Nhà nước đầu tư thì chuyển sang cơ chế giá" để áp dụng phù hợp với yếu tố đầu tư.

Loại các khoản thu "trùng"

Cũng tại dự thảo tờ trình Chính phủ, Bộ Tài chính đề xuất đưa ra khỏi Danh mục một số loại phí trùng với một sổ khoản thu khác, như phí an ninh, trật tự trùng với khoản đóng góp Quỹ an ninh, quốc phòng theo quy định của Luật Dân quân tự vệ; phí phòng, chống thiên tai trùng với khoản đóng góp Quỹ phòng, chống bão lụt theo Luật Phòng, chống thiên tai hay phí sử dụng thiết bị, cơ sở hạ tầng chứng khoán trùng với phí hoạt động chứng khoán vì phí sử dụng thiết bị, hạ tầng chứng khoán cũng là một loại phí trong hoạt động chứng khoán. Hiện nay, ở nhiều địa phương cũng đang có sự nhầm lẫn giữa các khoản đóng góp tự nguyện với các khoản phí này theo quy định của Pháp lệnh. Vì vậy, Bộ Tài chính trình Chính phủ đưa 3 loại phí này ra khỏi Danh mục.

Cùng với đó, Bộ Tài chính trình Chính phủ đưa phí xây dựng ra khỏi Danh mục nhằm đơn giản hóa thủ tục hành chính theo Nghị quyết số 25/NQ-CP của Chính phủ, trong đó có quy định miễn phí xây dựng. Đồng thời, 9 loại phí, lệ phí nữa cũng không cần thiết thu do trên thực tế, có loại phí, lệ phí do lường trước là sẽ phát sinh nên đã đưa vào Danh mục nhưng đến nay vẫn chưa phát sinh hoặc việc thu phí, lệ phí chưa phù hợp nên chưa ban hành văn bản quy định thu.

Chuyển thuế môn bài thành lệ phí

Bên cạnh 26 khoản phí, lệ phí dự kiến loại bỏ, Bộ Tài chính trình Chính phủ bổ sung 17 khoản phí, lệ phí vào Danh mục. 

Điểm đáng chú ý nhất là dự kiến chuyển chuyển thuế môn bài sang lệ phí, đặt tên là Lệ phí môn bài và đưa vào Danh mục lệ phí. Bộ Tài chính giải trình: Thuế môn bài đang thực hiện theo Nghị định số 75/2002/NĐ-CP của Chính phủ về việc điều chỉnh mức thuế môn bài. Về bản chất, thuế môn bài là một khoản thu nhằm kiểm kê, kiểm soát số lượng cơ sở có hoạt động kinh doanh trong năm, do đó mang tính chất của một loại lệ phí. Theo quy định, thuế môn bài kê khai theo năm. Mức thu môn bài đang thu gồm nhiều bậc thuế khác nhau phụ thuộc vào vốn đăng ký kinh doanh (áp dụng với tổ chức) hoặc căn cứ vào thu nhập của 1 tháng (hộ kinh doanh cá thể), dẫn đến khó khăn trong việc xác định mức nộp, do đó chưa phát huy chức năng kiểm đếm số lượng cơ sở kinh doanh. Vì vậy, việc chuyển sắc thuế này thành lệ phí sẽ phản ánh đúng bản chất của một khoản thu nhằm phục vụ công tác kiểm kê kiểm soát số lượng cơ sở kinh doanh.

Cùng với đó, Bộ Tài chính đề nghị bổ sung 9 loại phí và 4 loại lệ phí đang có tên trong các văn bản pháp luật chuyên ngành nhưng chưa có trong Danh mục, ví dụ: phí nhượng quyền khai thác tại Luật Hàng không dân dụng Việt Nam; phí công chứng tại Luật Công chứng, lệ phí kháng cáo tại Pháp lệnh Trọng tài thương mại...Việc bổ sung này nhằm bảo đảm tính thống nhất của chính sách và thuận lợi trong công tác tra cứu các loại phí, lệ phí.

Một số loại phí, lệ phí được bổ sung dựa trên kiến nghị của các bộ, địa phương như phí thẩm định Đề án cải tạo, phục hồi môi trường và lệ phí cấp Giấy chứng nhận đã thực hiện các biện pháp bảo vệ môi trường.

Dự thảo Luật Phí, lệ phí gồm 7 Chương, 29 Điều, sẽ thay thế cho Pháp lệnh Phí và lệ phí hiện hành.