Đối với quy định Hải quan phải kiểm tra thực tế 100% hàng hóa XK của doanh nghiệp thuộc các trường hợp như: doanh nghiệp thành lập trong thời gian 24 tháng trở lại tính đến ngày cơ quan Thuế nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, không trực tiếp sản xuất hàng hóa XK, có quy mô kinh doanh bất hợp lý (doanh số bình quân cao gấp 5 lần trở lên so với vốn chủ sở hữu), không có cơ sở vật chất (nhà máy, xưởng sản xuất, kho hàng, phương tiện vận tải, hệ thống các cửa hàng...).

Thực hiện quy định này, Hải quan các tỉnh sẽ phối hợp với cục thuế địa phương và các cơ quan chức năng khác để xác định doanh nghiệp có thỏa mãn các điều kiện trên để quyết định hình thức, mức độ kiểm tra thực tế hàng hóa. Tuy nhiên, đối với doanh nghiệp ngoài tỉnh thì hải quan địa phương cho rằng không thể xác định được. Để đảm bảo thực hiện theo công văn 12485/BTC-TCT, Cục Hải quan An Giang tạm thời yêu cầu doanh nghiệp khi làm thủ tục hải quan phải cung cấp giấy tờ xác nhận của cơ quan có thẩm quyền về doanh nghiệp không thuộc 4 tiêu chí về đối tượng áp dụng nêu trên để Hải quan quyết định hình thức, mức độ kiểm tra thực tế hàng hóa. Nếu doanh nghiệp không xuất trình giấy tờ xác nhận thì buộc hải quan phải chuyển luồng Đỏ kiểm tra 100% lô hàng.

Còn Cục Hải quan Đồng Tháp cho biết tại thời điểm làm thủ tục hải quan, Chi cục Hải quan cửa khẩu không có đủ nguồn lực, điều kiện và thời gian để xác định, xác minh làm rõ các tổ chức, cá nhân có hoạt động XK hàng hóa qua biên giới đất liền thuộc quy định của Bộ Tài chính hay không. Cục Hải quan Đồng Tháp đề xuất đối với các tổ chức, cá nhân có hoạt động XK hàng hóa qua biên giới đất liền thuộc trường hợp quy định của Bộ Tài chính thì cơ quan Thuế nội địa cung cấp thông tin cho cơ quan Hải quan để tiến hành kiểm tra sau thông quan tại doanh nghiệp theo quy định hiện hành. Đồng thời, phối hợp thiết lập tiêu chí QLRR đưa vào hệ thống QLRR. Chi cục Hải quan cửa khẩu chỉ căn cứ vào phân luồng trên hệ thống và thông tin tại thời điểm làm thủ tục hải quan để quyết định hình thức; mức độ kiểm tra lô hàng XK theo quy định hiện hành.

Theo phản ánh tại các chi cục trực thuộc Cục Hải quan An Giang, Đồng Tháp thì quy định kiểm tra 100% lô hàng XK  trên gây rất nhiều khó khăn cho Chi cục. Cụ thể tại các cửa khẩu như Thường Phước (Đồng Tháp) Vĩnh Xương, Khánh Bình (An Giang)… là cửa khẩu đường sông, việc tổ chức huy động thuê nguồn lực để bốc, xếp dỡ hàng hóa phương tiện thuỷ là  sà lan có trọng tải trên 500 tấn đến 1.000 tấn là vô cùng khó khăn và phức tạp, nhất là trong mùa lũ hiện nay thường xuyên xảy ra dông to sóng lớn. Các mặt hàng như sắt thép, phân bón không đủ điều kiện để bốc dỡ. Các  doanh nghiệp thì than phiền  phải tốn chi phí cao cho việc bốc dỡ hàng hóa để cơ quan Hải quan kiểm tra. Một số chi cục phải “chữa cháy” bằng cách kéo về các cảng nội địa để kiểm tra, gây phiền phức không ít cho doanh nghiệp.

Công văn số 12485/BTC-TCT của Bộ Tài chính còn có quy định "Trường hợp hàng hóa thuộc hàng kinh doanh cần có những điều kiện theo quy định của pháp luật có liên quan (như: có nhãn mác nước ngoài, mua của nhà phân phối độc quyền tại Việt Nam...) thì phải căn cứ vào tính đặc thù và quy định của pháp luật có liên quan để yêu cầu người khai xuất trình tài liệu có liên quan để kiểm tra (như đối với mặt hàng điện thoại di động thì phải xuất trình giấy thỏa thuận của nhà phân phối độc quyền và phụ lục IMEI; đối với mặt hàng phân bón thì phải có chứng nhận của nhà sản xuất hoặc đại lý phân phối".

Như vậy, các doanh nghiệp đang không rõ quy định này điều chỉnh đối mặt hàng điện thoại đi động và phân bón sản xuất tại Việt Nam XK hay có nguồn gốc NK. Các doanh nghiệp XK phân bón cũng không rõ quy định yêu cầu giấy chứng nhận là giấy gì? Đối với phân bón XK từ hàng NK thì việc chứng nhận của nhà sản xuất hoặc đại lý phân phối như thế nào?

Tại công văn công văn số 12485/BTC-TCT của Bộ Tài chính quy định ghi kết quả kiểm hóa: "Ghi rõ tên, số lượng hàng, chủng loại, chất lượng hàng hóa... " Đối với hàng hóa XK phải yêu cầu kiểm tra chất lượng thì công chức hải quan phải căn cứ vào chứng thư giám định chất lượng hàng hóa XK để ghi vào kết quả kiểm hóa. Tuy nhiên, đối với hàng hoá không có quy định yêu cầu về kiểm tra chất lượng hàng XK thì Chi cục  không có cơ sở để ghi chất lượng hàng hóa. Cục Hải quan Đồng Tháp kiến nghị đối với hàng hóa không có quy định yêu cầu "về kiểm tra chất lượng hàng XK thì không yêu cầu doanh nghiệp nộp chứng thư chứng nhận kiểm tra chất lượng và công chức cũng không phải ghi chất lượng hàng hóa XK.

Cục Hải quan An Giang, Đồng Tháp cho biết, hiện có nhiều doanh nghiệp gửi công văn phản ánh gặp vướng mắc liên quan đến  công văn 12485/BTC-TCT ngày 18-9-2013 của Bộ Tài chính, không làm thủ tục XK hàng hóa được, rất cần được sớm xem xét, tháo gỡ.