Hiện nay, lĩnh vực kinh doanh thương mại điện tử ở Việt Nam được mở rộng tới các dịch vụ hàng hóa như: Hàng tiêu dùng; thiết bị y tế chuyên dụng; các dịch vụ cung cấp thông tin, pháp lý, tài chính; chăm sóc sức khỏe, giáo dục và các hoạt động mới như siêu thị ảo...

Về phía cơ quan Thuế xác định lĩnh vực thương mại điện tử là lĩnh vực mới, nhưng sẽ là hình thức kinh doanh phát triển trong tương lai theo xu hướng vận động tất yếu của kỷ nguyên số, của thời đại công nghệ thông tin và toàn cầu hoá. Do đó, Tổng cục Thuế đã xây dựng chuyên đề thanh tra, kiểm tra quản lý loại hình kinh doanh này. Trong năm 2014, cơ quan Thuế đã nghiên cứu việc quản lý thuế đối với hoạt động bán mã code qua mạng và hình thức bán hàng của người nước ngoài trên mạng internet, nghiên cứu áp dụng chính sách thuế đối với loại hình kinh doanh quảng cáo Google Admob cho trò chơi điện tử trên thiết bị di động (như trường hợp quảng cáo Google Admob trên trò chơi Flappy Bird của tác giả Nguyễn Hà Đông). Khảo sát mô hình cổng thanh toán trực tuyến trong giao dịch thương mại điện tử tại 5 công ty hoạt động trong lĩnh vực thương mại điện tử như: Công ty VNG, Công ty Truyền thông Việt Nam, Công ty Ngân lượng, Công ty cổ phần Giải pháp thanh toán Việt Nam và Công ty cổ phần Hỗ trợ dịch vụ thanh toán Việt Phú.

Tuy nhiên, nhìn vào số doanh nghiệp được thanh tra trong năm 2014 của ngành Thuế là 9.198 doanh nghiệp, số doanh nghiệp kinh doanh thương mại điện tử thuộc diện thanh, kiểm tra chiếm rất nhỏ, chưa đến 10%.

Nguyên nhân được cơ quan Thuế chỉ ra  là công tác thanh, kiểm tra lĩnh vực kinh doanh thương mại điện tử đòi hỏi những yêu cầu khác với so với thanh tra theo phương thức truyền thống, bởi trong thanh tra loại hình kinh doanh này CBCC Thuế phải có trình độ về tin học, ngoại ngữ... Đồng thời, phải có ứng dụng, phần mềm hỗ trợ việc truy lần dấu vết giao dịch, kết xuất dữ liệu lịch sử giao dịch làm bằng chứng đấu tranh đối với việc che giấu các hành vi vi phạm của người nộp thuế.

Hầu hết các doanh nghiệp kinh doanh loại hình này đều có trang web trên mạng internet để quảng cáo hàng hóa. Khách  hàng khi có nhu cầu sẽ tìm kiếm hàng hóa trên mạng, sau đó gọi điện đặt mua hàng. Doanh nghiệp đến giao hàng cho người mua, nếu khách hàng không cần lấy hóa đơn thì các đơn vị bán hàng sẽ không cần xuất hóa đơn. Do đó, các đơn vị này kê khai hóa đơn rất thấp. Mặt khác, với phương thức thanh toán trực tuyến rất linh hoạt và đa dạng hiện nay như: Ví điện tử, thẻ visa cá nhân, hệ thống thanh toán quốc tế paypal, các cá nhân, tổ chức hoàn toàn có thể thực hiện các giao dịch qua mạng internet từ khâu đặt hàng cho đến khâu thanh toán.

Trong khi đó, trình độ tin học của cán bộ Thuế còn hạn chế nên rất khó khai thác được các khoản doanh thu không kê khai hoặc kê khai không đầy đủ trong giao dịch mua bán thương mại điện tử trên hệ thống máy chủ của doanh nghiệp hoặc qua mạng internet. Ngoài ra, việc thu thập thông tin dữ liệu về lịch sử giao dịch, sao kê tài khoản ngân hàng từ các ngân hàng cung cấp dịch vụ thanh toán hoặc các đơn vị làm trung gian thanh toán cho cơ quan Thuế rất khó, vì thiếu cơ chế phối hợp cung cấp thông tin, đặc biệt là các giao dịch xuyên biên giới, dẫn đến thất thu NSNN không nhỏ.

Nhiệm vụ mà ngành Thuế đặt ra trong năm 2015 là phấn đấu đạt mức tối thiểu 14,65% trên số doanh nghiệp đang hoạt động thuộc địa bàn quản lý thuế (kế hoạch thanh tra đạt tối thiểu 1,65%, nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đạt tối thiểu 13%). Truy thu vào NSNN đảm bảo đạt ít nhất 80% số kết luận truy thu và phạt qua thanh tra, kiểm tra. Trong đó, ngành Thuế sẽ tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra đối với các doanh nghiệp kinh doanh thương mại điện tử, trò chơi trực tuyến; dịch vụ lưu trú; sản xuất chế biến (thức ăn gia súc, công nghiệp chế biến thực phẩm, dệt may...).

Theo lãnh đạo Tổng cục Thuế, năm 2015 tăng nguồn thu từ thương mại điện tử sẽ có nhiều khả quan. Vì bắt đầu từ ngày 20-1-2015, theo quy định mới về quản lý website thương mại điện tử của Bộ Công Thương tại Thông tư 47/2014/TT-BCT, bắt buộc người bán hàng trên các trang mạng xã hội như kinh doanh trên facebook sẽ phải kê khai và nộp thuế như thương nhân, tổ chức cung cấp dịch vụ sàn giao dịch thương mại điện tử.

Vấn đề đặt ra đối với cơ quan Thuế khi áp dụng chính sách thuế đối với dịch vụ thương mại điện tử đảm bảo bình đẳng về nghĩa vụ giữa nhà cung cấp ở trong nước và nhà cung cấp ở nước ngoài, đồng thời không bỏ sót nguồn thu và cạnh tranh không bình đẳng. Đồng thời, ứng dụng công nghệ thông tin để quản lý rủi ro các doanh nghiệp kinh doanh thương mại điện tử. Cơ quan Thuế phải có đội ngũ cán bộ quản lý thuế đối với hoạt động thương mại điện tử giỏi về nghiệp vụ thuế, kinh tế, công nghệ thông tin, ngoại ngữ để đổi mới phương pháp thanh, kiểm tra, nâng cao chất lượng phân tích hồ sơ khai thuế của các doanh nghiệp.