Hiện nay, các doanh nghiệp có thể biết trước thông tin hàng hóa xuất nhập khẩu được phân luồng như thế nào trong chương trình thông quan điện tử. Vì thế, nhiều đơn vị đã lợi dụng để buôn lậu, trốn thuế bằng cách tráo loại hàng hóa khác với khai báo khi hàng hóa được phân luồng xanh (được miễn kiểm tra hồ sơ và hàng hóa). Nếu bị phân vào luồng vàng (bị kiểm tra hồ sơ), luồng đỏ (bị kiểm tra hàng hóa) thì sẽ bỏ tờ khai, không làm thủ tục.

Ngoài ra, hiện hệ thống tự động tiếp nhận, đăng ký tờ khai nhưng chưa có chức năng cảnh báo, ngăn chặn tờ khai trùng. Lợi dụng đặc điểm này, doanh nghiệp đã thực hiện khai nhiều tờ khai cho cùng một lô hàng nhằm lựa chọn tờ khai được miễn kiểm tra hàng hóa. Do đó, hiện đã có nhiều tờ khai ảo, kim ngạch ảo và số thuế ảo khiến cơ quan chức năng phải xử lý phức tạp.

Và do cơ sở dữ liệu về quản lý rủi ro tuy được xây dựng nhiều nhưng vẫn chưa đầy đủ, nên đối tượng buôn lậu thường chọn những doanh nghiệp được xếp vào danh sách chấp hành tốt pháp luật, khai báo những mặt hàng nằm ngoài danh mục quản lý rủi ro để thực hiện hành vi buôn lậu. Thực tế đã có nhiều trường hợp hàng lậu được thông quan luồng xanh đã xảy ra, mà mới đây là vụ để lọt 160kg ma túy qua cảng hàng không sân bay Tân Sơn Nhất, TP. Hồ Chí Minh.

Đại diện Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh cho biết, để thực hiện gian lận thương mại, buôn lậu, nhiều doanh nghiệp dùng thủ đoạn làm thủ tục vào ngày nghỉ hay các giờ cao điểm, thậm chí đưa hàng xuất khẩu vào làm thủ tục vào giữa đêm hay sáng sớm. Doanh nghiệp cũng nhập khẩu thường xếp hàng lậu ở phía trong cùng của container, còn phía ngoài xếp đúng hàng hóa như khai báo và khai báo hàng hóa nhập khẩu là nguyên liệu sản xuất, hàng hóa đơn giản để được hệ thống tự động phân loại vào luồng xanh, vàng nhằm miễn kiểm tra thực tế.

Đáng lo hơn, từ ngày 1/4/2014, việc thông quan hàng hóa tự động (VNACC/VCIS) sẽ được triển khai nên nhân viên hải quan sẽ không xem lại tờ khai của doanh nghiệp, thay vào đó hệ thống sẽ thông quan tự động ngay. Tình trạng lợi dụng thông quan luồng xanh để buôn lậu, trốn thuế đang xảy ra ở nhiều nơi ngay cả khi có sự kiểm tra của nhân viên hải quan. Vậy thì, nếu như không có sự kiểm tra này nữa thì có phải sẽ rộng đường hơn cho buôn lậu hay sao?

Dự án Luật Hải quan (sửa đổi) trình ra Quốc hội xem xét tại Kỳ họp thứ Sáu vừa qua đã bổ sung quy định cụ thể về nội dung, cách thức kiểm tra và hình thức thông báo kết quả sau kiểm tra, cũng như thẩm quyền quyết định hình thức kiểm tra tại cơ quan hải quan hay tại trụ sở khai báo hải quan. Luật cũng quy định cụ thể thời hạn kiểm tra của mỗi quyết định kiểm tra; quyền, nghĩa vụ của cơ quan hải quan, trưởng đoàn kiểm tra; quyền, nghĩa vụ của người khai hải quan, chủ hàng; xử lý kết quả kiểm tra.

Với những quy định này, nhiều ý kiến cho rằng, tình trạng không áp dụng thống nhất giữa cơ quan hải quan và các cơ quan tư pháp sẽ được khắc phục hiệu quả và bảo đảm ý nghĩa của kiểm tra sau thông quan, hạn chế các chi phí phát sinh khác gây ảnh hưởng đến hoạt động của doanh nghiệp.

Trong khi chờ Luật Hải quan (sửa đổi) được thông qua, đại diện Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đề nghị, cần điều chỉnh tiêu chí kiểm tra ngẫu nhiên từ 5% như hiện nay lên 10% để tăng cường kiểm tra xác suất đối với hàng hóa và doanh nghiệp xuất nhập khẩu.

Bên cạnh đó, cần bổ sung quy định đăng ký trước tờ khai hải quan điện tử theo hướng hàng nhập khẩu chỉ được khai khi đã có hàng xếp lên phương tiện vận tải, còn hàng xuất khẩu chỉ được khai khi đã tập kết hàng đầy đủ tại địa điểm kiểm tra. Và bổ sung chức năng cảnh báo, ngăn chặn tờ khai trùng. Cũng theo đại diện Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, thông tin về phân luồng hàng hóa cần được coi là thông tin bí mật, không thông báo trước để doanh nghiệp không thể lợi dụng.