Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan đã có văn bản số 711/GSQL-GQ2 ngày 26/07/2013 để giải đáp thắc mắc. Theo đó, văn bản của Tổng cục Hải quan cho biết:

Thứ nhất, doanh nghiệp đầu tư nước ngoài được xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ nếu đáp ứng điều kiện quy định tại điểm 3c mục III Thông tư số 04/2007/TT-BTM ngày 04/04/2007 của Bộ Thương mại (nay là Bộ Công Thương)

Thứ hai, thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thực hiện theo quy định tại Điều 41 Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010 của Bộ Tài chính (thủ tục hải quan thủ công); Điều 47 Thông tư số 196/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính (thủ tục hải quan điện tử). Theo đó, hóa đơn trong hồ sơ hải quan là hóa đơn xuất khẩu hoặc hóa đơn GTGT do doanh nghiệp xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ lập.

Thứ ba, về hóa đơn và loại hóa đơn, đề nghị Công ty căn cứ quy định tại Điều 3 Thông tư số 64/2013/TT-BTC ngày 15/05/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/05/2010 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng, cung ứng dịch vụ để thực hiện.