Các quy định tại Thông tư này thay thế các quy định về địa điểm, hình thức nộp thuế, kê khai nộp thuế, chuyển tiền, chuyển thông tin, đối chiếu số liệu và xử lý sai sót đối chiếu số liệu đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu nêu tại Thông tư 128/2008/TT-BTC, Điều 16 Thông tư 85/2011/TT-BTC và Điều 22 Thông tư 128/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Một trong những thay đổi đáng chú ý trong Thông tư này là về địa điểm nộp thuế. Thông tư quy định: Người nộp thuế thực hiện nộp tiền thuế trực tiếp vào Kho bạc Nhà nước hoặc tại tổ chức tín dụng.

Trường hợp người nộp thuế nộp tiền thuế bằng tiền mặt nhưng Kho bạc Nhà nước hoặc các tổ chức tín dụng không tổ chức điểm thu tại địa điểm làm thủ tục hải quan, cơ quan Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan thực hiện thu số tiền thuế do người nộp thuế nộp và chuyển toàn bộ số tiền thuế đã thu vào tài khoản thu ngân sách của Kho bạc Nhà nước mở tại ngân hàng thương mại theo quy định.

Nếu tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan, người nộp thuế có nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và tiền thu khác tại các cơ quan hải quan khác và muốn nộp ngay số tiền nợ đó tại cơ quan hải quan nơi đang làm thủ tục hải quan; người nộp thuế tự khai báo và nộp tiền tại điểm thu của Kho bạc nhà nước, tổ chức tín dụng hoặc cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục (nếu Kho bạc Nhà nước không bố trí điểm thu).

Trường hợp thu hộ tiền thuế, Chi cục hải quan nơi thu hộ có trách nhiệm fax biên lai thu thuế cho Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp nợ thuế để Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp nợ thuế có văn bản nhờ thu hộ và xử lý theo quy định.

Người nộp thuế được lựa chọn nộp tiền thuế bằng chuyển khoản hoặc bằng tiền mặt. Một Bảng kê nộp thuế, một giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước được sử dụng để nộp tiền thuế cho một hoặc nhiều tờ khai hải quan.

Thông tư này có hiệu lực từ 1-10-2014.