Tự chủ đại học là điều kiện cho việc đổi mới công tác quản lý các cơ sở giáo dục đại học, đồng thời tạo lập một môi trường quản trị đại học mới. Tuy nhiên, hiện nay các cơ sở giáo dục đại học trực thuộc Bộ Tài chính chưa thực sự quan tâm và tỏ ra hình thức trong việc minh bạch hóa các thông tin về tài chính, quy trình, kết quả đào tạo, việc làm và kiểm định chất lượng giáo dục đại học.

Nguồn lực tài chính cho giáo dục đại học công lập ở Việt Nam được hình thành từ nguồn ngân sách nhà nước và thu hợp pháp của các cơ sở giáo dục đại học. Tuy nhiên, trên thực tế, nguồn tài chính cho giáo dục đại học hiện nay còn hạn hẹp, chưa được đa dạng hóa… Để khắc phục tình trạng này, các cơ sở giáo dục đại học cần tự chủ trong việc huy động các nguồn lực từ xã hội, liên doanh liên kết với các tổ chức, cá nhân theo đúng quy định của pháp luật.

Cấp ngân sách theo chất lượng đầu ra cho cơ sở giáo dục đại học công lập là chủ đề nhận được chú ý gần đây trên nhiều diễn đàn chính sách và học thuật tại Việt Nam. Bài viết giới thiệu một số cơ chế cấp ngân sách theo chất lượng đầu ra đã được áp dụng tại một số nước trên thế giới như: Cấp ngân sách theo công thức đầu ra, hợp đồng chất lượng, quỹ cạnh tranh và học bổng cho sinh viên xuất sắc. Kết quả nghiên cứu có thể được sử dụng cho các nhà làm chính sách trong việc thiết kế các chính sách cho giáo dục đại học trong thời gian tới.

Tự chủ tài chính giáo dục đại học là một "nấc thang" tất yếu trong quản trị đại học tại các nước phát triển. Vấn đề này nhận được sự quan tâm, nghiên cứu của nhiều học giả quốc tế, đặc biệt là trong thời kỳ đầu chuyển giao sang tự chủ đại học tại các quốc gia. Hầu hết các nghiên cứu đều chỉ ra rằng, việc đẩy mạnh tự chủ đại học cần thực hiện song hành cùng với các nỗ lực cải cách về vấn đề tài chính cho giáo dục đại học

Hoàn thiện cơ chế hoạt động, cơ chế quản lý tài chính tại các đơn vị sự nghiệp công lập nói chung, các cơ sở giáo dục đại học công lập nói riêng là nhiệm vụ cấp thiết đối với các cơ quan quản lý nhà nước cũng như với các đơn vị sự nghiệp nhằm đáp ứng kịp thời yêu cầu, đòi hỏi của thực tiễn phát triển kinh tế - xã hội đất nước và phù hợp với xu thế hội nhập kinh tế quốc tế.

Ở Việt Nam, huy động hiệu quả các nguồn tài chính cho giáo dục đại học công lập được triển khai từ khá sớm và bước đầu đã đạt được những kết quả nhất định.