Theo thống kê, tỷ trọng đầu tư khu vực kinh tế Nhà nước vào sản xuất nông, lâm, ngư nghiệp so với tổng vốn đầu tư toàn xã hội vào ngành nông nghiệp đã giảm từ 42% năm 2006 xuống còn 37,3% năm 2012. Có thể thấy, tỷ trọng nguồn vốn đầu tư từ ngân sách Nhà nước trong tổng đầu tư toàn xã hội vào ngành nông nghiệp đã giảm dần khi đầu tư của khu vực ngoài Nhà nước cho ngành đang ngày càng lớn mạnh. Điều này thể hiện sự điều chỉnh chính sách đầu tư theo hướng giảm nguồn ngân sách Nhà nước và tăng tỷ trọng đầu tư từ các khu vực khác. Thực hiện mục tiêu tái cơ cấu ngành nông nghiệp theo hướng nâng cao giá trị gia tăng và phát triển bền vững, cơ cấu đầu tư công đã được điều chỉnh theo hướng tăng tỷ trọng vốn đầu tư cho các lĩnh vực trực tiếp sản xuất như khai thác, nuôi thủy sản, trồng trọt, chăn nuôi...

Đồng thời, tăng cường năng lực nghiên cứu và chuyển giao công nghệ, đào tạo dịch vụ công cho ngành và giảm tỷ trọng vốn đầu tư cho hạ tầng cơ bản có tính phi sản xuất hay chậm sinh lời.

Nhìn chung, thời gian gần đây, tiến trình tái cơ cấu ngành nông nghiệp cũng như đầu tư công cho nông nghiệp, nông thôn đã góp phần quan trọng thúc đẩy sự phát triển của ngành nông nghiệp. Cụ thể, tổng năng lực tưới của hệ thống thủy lợi đạt 3,52 triệu ha đất canh tác, bảo đảm tưới cho 7,26 triệu ha diện tích gieo trồng lúa. Cơ sở hạ tầng nông nghiệp, nông thôn đã và đang tiếp tục được cải thiện và hiện đại hóa đáng kể; góp phần phục vụ phát triển kinh tế - xã hội của khu vực nông thôn cũng như của cả nước.

Tuy nhiên, quá trình tái cơ cấu của ngành nông nghiệp đã và đang bộc lộ không ít những khó khăn, hạn chế. Đại diện Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho biết, việc chuyển dịch cơ cấu đầu tư còn chậm, chưa đáp ứng được yêu cầu chuyển dịch cơ cấu sản xuất và giải quyết các mục tiêu ưu tiên theo Đề án tái cơ cấu của ngành. Việc phân bổ vốn đầu tư trong ngành vẫn tập trung nhiều cho các lĩnh vực phi sản xuất hay chậm sinh lời, nhất là đầu tư cho lĩnh vực thủy lợi (chiếm 79% tổng vốn đầu tư từ nguồn ngân sách Nhà nước giai đoạn 2011 - 2014). Cơ cấu đầu tư tuy bước đầu được điều chỉnh, song còn chậm do vốn đầu tư cho ngành nông nghiệp còn thiếu và ngày càng giảm; trong khi, đa số các dự án từ ngân sách Nhà nước, từ vốn ODA hay trái phiếu Chính phủ đều cố định mục tiêu và cơ cấu vốn nên khó điều chỉnh phù hợp thực tế.

Bên cạnh đó, việc phân định trách nhiệm đầu tư giữa Trung ương và địa phương còn chồng chéo, không rõ ràng; còn nhiều địa phương thiếu chủ động, trông chờ vào ngân sách hỗ trợ từ Trung ương. Hệ thống chính sách khuyến khích tư nhân đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn còn chưa đồng bộ, nguồn lực thực hiện còn thiếu, hiệu quả chưa cao, trong khi đầu tư vào nông nghiệp phải chịu khá nhiều rủi ro và lợi nhuận không cao.

Thời gian tới, Chính phủ cần tiếp tục quan tâm chỉ đạo, đẩy mạnh quá trình tái cơ cấu đầu tư công, tái cơ cấu doanh nghiệp Nhà nước cũng như tái cơ cấu của ngành nông nghiệp; Nghiên cứu, sửa đổi, ban hành mới các văn bản quy phạm pháp luật liên quan như Luật Quản lý, sử dụng vốn nhà nước đầu tư vào sản xuất kinh doanh, Luật Ngân sách Nhà nước (sửa đổi), Luật Quy hoạch... tạo cơ sở pháp lý vững chắc, đẩy nhanh tiến trình tái cơ cấu chung của nền kinh tế cũng như tái cơ cấu nội bộ ngành nông nghiệp;  Tiếp tục ưu tiên, tăng vốn đầu tư cho phát triển ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn theo hướng tập trung nguồn vốn cho các công trình, dự án phục vụ tái cơ cấu ngành. Bố trí nguồn vốn trái phiếu Chính phủ để hoàn thành các công trình thủy lợi phải giãn tiến độ sau năm 2015 và Chương trình xây dựng nông thôn mới; Thực hiện giao kế hoạch đầu tư trung và dài hạn nhằm tạo điều kiện cho Bộ, các đơn vị liên quan và các địa phương chủ động trong thực hiện Chiến lược phát triển của ngành giai đoạn 2016 - 2020. Đồng thời, cần quan tâm chỉ đạo và dành nguồn ngân sách thỏa đáng cho việc triển khai thực hiện hiệu quả các chính sách khuyến khích, ưu đãi đầu tư từ khu vực tư nhân và xây dựng các chính sách mới nhằm tăng thu hút nguồn lực đầu tư từ các thành phần kinh tế ngoài Nhà nước.