Theo đó, liên quan đến công tác quản lý nhà nước và thực hiện pháp luật trong quy hoạch, quản lý xây dựng, đất đai, môi trường đối với KCN, qua thanh tra, TTCP đã phát hiện những khuyết điểm vi phạm chủ yếu như: nhiều doanh nghiệp thuê đất trong KCN nhưng không đưa vào sử dụng khai thác dẫn đến lãng phí tài nguyên đất lên đến hơn 53.000 m2, cụ thể là các KCN Hiệp Phước, KCN Lê Minh Xuân, KCN Tân Bình, KCN Lê Minh Xuân…

Bên cạnh đó, tại một số KCN tồn tại các khuyết điểm, vi phạm, cụ thể: Tại KCN Tân Tạo hiện hữu, CTCP Đầu tư và công nghiệp Tân Tạo (ITACO) ký hợp đồng cho thuê lại đất với một số ngân hàng: Ngân hàng Thương mại Cổ phần Công thương Việt Nam – chi nhánh Tây Sài Gòn, Ngân hàng Đầu tư Phát triển Việt Nam, Công ty cho thuê tài chính II Nam Sài Gòn không đúng theo quy hoạch được duyệt.

Ban Quản lý KCN đồng ý điều chỉnh quy hoạch không đúng thẩm quyền với tổng diện tích 95.774 m2 tại các khu đất đã được quy hoạch để xây dựng với mục đích khác như nhà máy xử lý nước thải, bãi rác công nghiệp, bể nước ngầm…

Một số doanh nghiệp thuê đất để xây dựng công trình công nghiệp nhưng cho thuê lại hoặc đầu tư xây dựng công trình không đúng mục đích được quy hoạch, thu lợi bất hợp pháp hơn 98 tỷ đồng và gần 234.000 USD. Thậm chí ITACO tự ý chia tách một số khu đất đã quy hoạch để xây dựng không đúng mục đích hoặc cho các doanh nghiệp khác thuê lại tại các khu đất đã quy hoạch trồng cây xanh, kho tàng, bến bãi… với tổng diện tích 10.446 m2, thu lợi bất hợp pháp hơn 9,5 tỷ đồng, gây lãng phí, thất thoát tài nguyên và tài sản của Nhà nước.

Ban quản lý KCN cấp phép xây dựng vượt so với quy hoạch: công ty S.P.M vượt 2 tầng, CTCP Khai thác và Phát triển Kho vận Tân Tạo vượt 2 tầng, Công ty TNHH Việt Nam Paiho vượt 4 tầng. ITACO còn chưa đầu tư thiết bị đo lưu lượng nước thải đầu vào ở các nhà máy xử lý nước thải tập trung, máy ép bùn từ hệ thống xử lý nước thải không bảo đảm….

Đáng chú ý, tại KCN Tân Tạo mở rộng, doanh nghiệp này cho 93 nhà đầu tư thuê lại đất đã thu về tổng số tiền hơn 1.041 tỷ đồng và hơn 5,8 triệu USD trong giai đoạn trước ngày 01/7/2014, nhưng đến nay chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính với nhà nước, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước.

ITACO cho 5 nhà đầu tư thuê lại đất, gồm: CTCP Dược DANAPHA, Công ty TNHH Dây sợi Rồng Á Châu, Công ty TNHH S.T.D &S, Công ty TNHH MTV SX và TM Mỹ phẩm Đăng Dương, Công ty TNHH Sản xuất TM XNK Tạ Minh Quang. Trong giai đoạn từ 1/7/2017 -  9/2017 với hình thức thu tiền một lần là gần 142.599 tỷ đồng, vi phạm quy định chỉ được cho thuê lại đất với hình thức trả tiền thuê đất hàng năm. Công ty chưa báo cáo về nhu cầu phát triển các công trình kết cấu hạ tầng ngoài KCN mở rộng.

UBND Thành phố phê duyệt điều chỉnh quy hoạch giảm từ 27,09 ha xuống 21,12 ha. Cụ thể: đất kho bãi từ 2,8345 ha xuống 1,24 ha; đất cây xanh, kênh rạch từ hơn 21,33 ha xuống còn 17,66 ha; đất xây dựng công trình đầu mối hạ tầng kỹ thuật từ gần 3 ha xuống còn 2,22 ha.

Phê duyệt bổ sung làm trung tâm đào tạo dạy nghề, phê duyệt tách hơn 7.332 m2 đất quy hoạch KCN để phục vụ dự án kinh doanh bãi đậu xe khi chưa có ý kiến của Bộ Xây dựng là vi phạm quy định tại Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ.

Kết luận của TTCP nêu rõ, trách nhiệm để xảy ra những tồn tại, khuyết điểm, sai phạm tại các KCN nêu trên thuộc trách nhiệm của các chủ đầu tư KCN, các sở ngành của Thành phố (Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Xây dựng), UBND các quận, huyện có KCN, Ban Quản lý KCN Thành phố và UBND TP. Hồ Chí Minh.

Liên quan đến những vi phạm tại KCN, TTCP đề nghị UBND Thành phố sớm chỉ đạo, tổ chức thực hiện một số nội dung khác có liên quan đến các vi phạm đã nêu. Đồng thời UBND TP. Hồ Chí Minh có biện pháp giải quyết, xử lý đối với đơn vị, cá nhân, doanh nghiệp có vi phạm, truy thu tiền sử dụng đất, thu hồi các khoản thu không hợp pháp từ việc vi phạm pháp luật.

Yêu cầu chủ đầu tư sớm khắc phục triệt để các vi phạm, nhất là vi phạm liên quan đến việc sử dụng đất không đúng mục đích, xây dựng công trình không đúng quy hoạch, không có giấy phép xây dựng…