Thông tư 86/2013/TT-BTC thay thế Thông tư 63/2011/TT-BTC và Thông tư 105/2011/TT-BTC quy định về việc áp dụng thí điểm chế độ ưu tiên trong lĩnh vực quản lý nhà nước về hải quan đối với DN đủ điều kiện.

Theo đó, khi muốn tham gia chương trình DN ưu tiên, DN phải yêu cầu công ty kiểm toán đánh giá hiệu quả kinh doanh của mình.

Bên cạnh đó, thời hạn đánh giá quá trình tuân thủ pháp luật của DN theo Thông tư 86 sẽ chỉ còn 24 tháng trở về trước, thay vì 36 tháng như trước đây. Việc đánh giá điều kiện về tuân thủ pháp luật của DN chủ yếu là căn cứ tính chất vi phạm như: buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới; gian lận, trốn thuế bị phạt từ 1 lần trở lên.

Đối với điều kiện về kim ngạch, trong Thông tư 86 quy định kim ngạch đối với DN ưu tiên loại 1 tối thiểu đạt 200 triệu USD/năm; đối với DN ưu tiên loại 2 tối thiểu đạt 50 triệu USD/năm và không xét kim ngạch đối với DN ưu tiên loại 3 (DN công nghệ cao).

Khi được công nhận là DN ưu tiên, DN sẽ được bổ sung thêm một số ưu tiên trong giai đoạn thông quan cho phù hợp với thủ tục hải quan như: Được sử dụng bộ chứng từ đơn giản để thông quan hàng hóa trong trường hợp hệ thống dữ liệu của cơ quan Hải quan gặp sự số hoặc tạm dừng hoạt động; không phải đăng ký với cơ quan Hải quan định mức tiêu hao nguyên vật liệu, không phải nộp báo cáo thanh khoản mà định kỳ hàng quý DN nộp cho cơ quan Hải quan báo cáo xuất - nhập - tồn nguyên vật liệu trên cơ sở định mức DN tự xây dựng...