Theo đó, đối với Chi cục Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đi, sau khi xác nhận hàng hóa đủ điều kiện vận chuyển đi thông qua nghiệp vụ BOA, công chức hải quan thực hiện lập biên bản bàn giao trên hệ thống E-customs thông qua chức năng: B.KVGS (Tờ khai vận chuyển độc lập – chứng từ)/7. Duyệt tờ khai vận chuyển độc lập đủ điều kiện qua KVGS (HQ giám sát nơi đi) hoặc chức năng B.KVGS (Tờ khai vận chuyển độc lập – chứng từ)/1. Tờ khai vận chuyển độc lập đủ điều kiện qua KVGS (HQ nơi đi nhập).

Đối với Chi cục Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đến, ngay sau khi xác nhận toàn bộ lô hàng đến đích thông qua nghiệp vụ BIA, công chức hải quan thực hiện cập nhật biên bản bàn giao trên hệ thống E-customs thông qua chức năng: F.Biên bản bàn giao/3. Xác nhận hiện trạng hàng hóa (HQ nơi đến).

Về việc xác nhận hàng hóa vận chuyển độc lập thực xuất qua cửa khẩu đường bộ, sau khi toàn bộ lượng hàng hóa thuộc tờ khai xuất khẩu đã thực tế xuất khẩu, công chức hải quan xác nhận thực xuất trên hệ thống E-customs như sau:

- Đối với hàng container, sử dụng chức năng: B.KVGS (Tờ khai vận chuyển độc lập – chứng từ)/Xác nhận container qua KVGS với mã vạch.

- Đối với hàng rời, sử dụng chức năng: B.KVGS (Tờ khai vận chuyển độc lập – chứng từ)/Xác nhận hàng rời qua KVGS.