Các quy định về không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã được quy định tại Nghị định 121/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ. Khi xây dựng Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013, Bộ Tài chính đã trình Chính phủ bổ sung quy định về không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đối với chuyển nhượng dự án đầu tư và nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường.

Những quy định không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT này đều là nội dung quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT về kỹ thuật nghiệp vụ. Cụ thể như sau:

Điều 3 Luật thuế GTGT quy định: “Hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng ở Việt Nam là đối tượng chịu thuế GTGT...”

Căn cứ theo quy định trên, các khoản thu về bồi thường, tiền thưởng, tiền hỗ trợ, tiền chuyển nhượng quyền phát thải và các khoản thu tài chính khác không phải là doanh thu hàng hoá, dịch vụ nên không thuộc phạm vi điều chỉnh của Luật thuế GTGT; dịch vụ mà phía Việt Nam mua, trả tiền nhưng dịch vụ được thực hiện và tiêu dùng hoàn toàn ở ngoài Việt Nam cũng không thuộc phạm vi điều chỉnh của Luật thuế GTGT.

Điều 4 Luật thuế GTGT quy định: “Người nộp thuế GTGT là tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT (sau đây gọi là cơ sở kinh doanh) và tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa chịu thuế giá GTGT (sau đây gọi là người nhập khẩu).”

Căn cứ theo quy định trên, tổ chức, cá nhân không kinh doanh không phải là người nộp thuế GTGT.

Do đó để tránh vướng mắc và đảm minh bạch và thống nhất trong thực hiện, tại Nghị định 121/2011/NĐ-CP, Chính phủ đã quy định không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đối với các trường hợp tổ chức, cá nhân nhận các khoản thu về bồi thường, tiền thưởng, tiền hỗ trợ, tiền chuyển nhượng quyền phát thải và các khoản thu tài chính khác; tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh tại Việt Nam mua dịch vụ của tổ chức nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam, cá nhân ở nước ngoài là đối tượng không cư trú tại Việt Nam; và tổ chức, cá nhân không kinh doanh, không phải là người nộp thuế GTGT bán tài sản.

Đối với trường hợp chuyển nhượng dự án đầu tư để sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT: Do dự án đầu tư được chuyển nhượng thường có giá trị lớn dẫn đến khó khăn về vốn cho doanh nghiệp (vì phải bố trí một khoản vốn lớn để trả thuế và kê khai, khấu trừ chờ hoàn thuế) trong khi thu ngân sách không tăng thêm do nộp rồi lại được hoàn nên để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp, Chính phủ đã bổ sung quy định không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đối với chuyển nhượng dự án đầu tư để sản xuất, kinh doanh hàng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT.

Đối với nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường: Thực tế nhiều doanh nghiệp trên khâu kinh doanh thương mại lợi dụng quy định này mua hàng của nông dân (không chịu thuế GTGT) sau đó mua hóa đơn có thuế 5% để hợp thức đầu vào lòng vòng qua nhiều khâu thương mại trung gian trước khi bán cho doanh nghiệp xuất khẩu để doanh nghiệp xuất khẩu được hoàn thuế.

Để giải quyết căn bản gian lận trong khấu trừ, hoàn thuế đối với hàng hóa là nông, lâm, thủy sản nói trên, Chính phủ đã bổ sung quy định: sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

Doanh nghiệp mua không phải trả thuế GTGT nên cũng không có thuế GTGT đầu vào để được khấu trừ. Khi bán cho người tiêu dùng vẫn phải kê khai, nộp thuế GTGT theo Luật.

Trong quá trình xây dựng, soạn thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Luật về thuế vừa được Quốc hội thông qua ngày 26/11/2014, Bộ Tài chính thay mặt cơ quan soạn thảo đã báo cáo Thường trực Uỷ ban Tài chính ngân sách (cơ quan thẩm tra) về 02 trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế nêu trên.

Thường trực Uỷ ban Tài chính - Ngân sách đã thống nhất với Bộ Tài chính cho rằng các giải pháp kỹ thuật này phù hợp với Luật thuế GTGT nên không phải sửa đổi, bổ sung Luật thuế GTGT trong Luật sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Luật về thuế.