Thông tư đã quy định cụ thể 17 trường hợp đặc thù của hoạt động kinh doanh xăng dầu như: Bơm xăng dầu từ phương tiện vận chuyển vào kho và ngược lại; kiểm tra nhà nước về chất lượng lô hàng xăng dầu nhập khẩu, tạm nhập tái xuất, nguyên liệu nhập khẩu; xác định khối lượng xăng dầu nhập khẩu, xuất khẩu, tạm nhập tái xuất; xác định chủng loại đối với xăng dầu xuất khẩu, tái xuất; về lấy mẫu xăng dầu nhập khẩu;...

Theo đó, đối với lô hàng miễn kiểm tra thực tế, nếu phát hiện lô hàng có dấu hiệu vi phạm thì Chi cục trưởng Chi cục Hải quan quyết định kiểm tra thực tế lô hàng.

Đối với lô hàng kiểm tra thực tế thì công chức hải quan căn cứ kết quả giám định về khối lượng, trọng lượng, chủng loại lô hàng và kết quả kiểm tra nhà nước về chất lượng lô hàng thực hiện xác nhận trên tờ khai hải quan để thông quan lô hàng.

Trường hợp có nghi vấn kết quả giám định, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan yêu cầu thương nhân tiến hành lại việc giám định đối với lô hàng và thống nhất với thương nhân lựa chọn thương nhân giám định tiến hành giám định, kiểm tra lại lô hàng.

 Thời hạn xăng dầu kinh doanh tạm nhập tái xuất được lưu lại tại Việt Nam thực hiện theo hướng dẫn tại Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thương mại về hoạt động mua bán hàng hóa quốc tế và các hoạt động đại lý mua, bán, gia công và quá cảnh hàng hóa với nước ngoài.

 Trường hợp bất khả kháng và hợp đồng mua bán hàng hóa có thay đổi về điều kiện, thời gian giao hàng, lô hàng cần phải kéo dài thời hạn lưu lại tại Việt Nam thì thương nhân có văn bản gửi Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập đề nghị được gia hạn và phải được Chi cục Hải quan chấp nhận gia hạn trước khi hết thời hạn tạm nhập tái xuất. Việc gia hạn không quá 02 lần, mỗi lần không quá 30 ngày đối với mỗi lô hàng tạm nhập tái xuất.

 Đối với xăng dầu đã tạm nhập nhưng không tái xuất hoặc tái xuất không hết được chuyển tiêu thụ nội địa, thương nhân có văn bản đề nghị được chuyển tiêu thụ nội địa gửi Cục Hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập. Sau khi được lãnh đạo Cục Hải quan xem xét, phê duyệt, thương nhân đăng ký tờ khai mới để làm thủ tục đối với lượng xăng dầu được chuyển tiêu thụ nội địa theo loại hình nhập kinh doanh; chính sách thuế, chính sách quản lý mặt hàng xăng dầu nhập khẩu áp dụng tại thời điểm đăng ký tờ khai chuyển tiêu thụ nội địa. Trường hợp lô hàng đã kiểm tra chất lượng khi làm thủ tục tạm nhập thì không phải thực hiện kiểm tra chất lượng khi chuyển tiêu thụ nội địa.

 Ngoài ra, Thông tư cũng quy định về thủ tục hải quan đối với: Xăng dầu nhập khẩu, tạm nhập; xuất khẩu, tái xuất; xăng dầu tạm nhập chuyển tiêu thụ nội địa, xăng dầu xuất khẩu, tái xuất cho tàu bay; xăng dầu kinh doanh chuyển khẩu; nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất và pha chế xăng dầu; nguyên liệu nhập khẩu để gia công xuất khẩu xăng dầu. Trong đó, quy định cụ thể về địa điểm làm thủ tục hải quan, hồ sơ hải quan, thời hạn nộp thuế, trách nhiệm của Chi cục Hải quan cũng như trách nhiệm của thương nhân... đối với từng thủ tục hải quan cụ thể nêu trên.​